<div>Dear All,</div>
<div> </div>
<div>Hope this mail will find you in good health.<br> <br>I am facing a problem regarding Position restrained dynamics (PR). I have done Molecular dynamic simulation<br>(for cytosolic protein) but has not performed PR. So i m little confused if this effects the results and if yes to what extent it effects the outcome,<br>

 <br>Earlier, i performed PR as it is recomended but in my cases ,the generated structure was not correct as the core residues found to be<br>reduced from 82%-52% and one bad contact was also observed. So i skipped the PR Step and run MD<br>

simultaion just after energy Minimization.<br> <br>I was wondering if PR is always necessary before molecular simulation without any exception. And if not, how can i justify this protocol<br>that we have performed without PR. Or where i can find the references to justify the my protocol.<br>

 <br>Pawan Kumar Raghav<br>Bioinformatician<br>Stem Cell and Gene Therapy Research Group<br>Division of Radiation Biosciences<br>INMAS, DRDO<br>Timarpur Delhi-110054<br clear="all"><br>-- <br>Pawan Kumar Raghav<br>Bioinformatician<br>

Stem Cell and Gene Therapy Research Group<br>Division of Radiation Biosciences<br>INMAS, DRDO<br>Timarpur Delhi-110054<br></div>