Thank you Mark and Justin. Yes i did check the reference of your tutorial, but its just that there are so many groups using same FF but different cut-off lengths. <div><br></div><div>amit</div><div><br><div class="gmail_quote">
On Sun, Nov 21, 2010 at 10:22 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div class="im">Quoting Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;:<br>
<br>
&gt; On 21/11/2010 8:45 PM, Amit Choubey wrote:<br>
&gt; &gt; Hi all,<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; I was going through the very nicely presented tutorial by Justin (on<br>
&gt; &gt; KALP-15 in DPPC). I have one question regarding the non-bonded<br>
&gt; &gt; cut-offs. It seems that people use many different values of non-bonded<br>
&gt; &gt; cut-off (varying from 0.9 nm to 1.2 nm or probably more). How should i<br>
&gt; &gt; choose the cut-off values for my simulations ?<br>
&gt;<br>
&gt; In the first instance, by reproducing the conditions under which the<br>
&gt; parameters were validated. Unfortunately, most of the force fields were<br>
&gt; not parametrized for PME, under which they are often now used. So look<br>
&gt; at some papers from large well-known groups that have done something<br>
&gt; similar to what you want to do, judge how well they have worked, and do<br>
&gt; something comparable. Unfortunately, there have been little or no<br>
&gt; systematic studies of how accurate forcefield X plus PME needs to be to<br>
&gt; model reality usefully. Hopefully that will change :-)<br>
&gt;<br>
<br>
</div>And directly related to the tutorial in question, the settings used therein were<br>
assigned to reproduce the study that I cite in the introductory material.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
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