<div>Thank mark for comments, but I have check the structure after energy minimization through ramachandran plot and found 82% residues were lies in core region. After performed position restrained dynamics it reduced to 52% in core region also 1 bad contact was found. I have taken SPC water model then add 2 NA+ ions in the solvent, done energy minimization at emtol value of 2000 kJ/mol and steps for 250. Below is the pr.mdp file for position restraiuned dynamics, please let me know if any serious flaws. So help me by giving me the reference.  </div>


<div><span lang="EN">
<p>title = Position restrained of Bcl-2. </p>
<p>integrator = md</p>
<p>define = -DPOSRES </p>
<p>dt = 0.002</p>
<p>nsteps = 100000</p>
<p>nstcomm = 1</p>
<p>nstxout = 250</p>
<p>nstvout = 1000</p>
<p>nstfout = 0</p>
<p>nstlog = 10</p>
<p>nstenergy = 10 </p>
<p>nstlist = 5</p>
<p>xtc_grps = protein sol</p>
<p>energygrps = protein sol </p>
<p>ns_type = grid</p>
<p>rlist = 1.0</p>
<p>coulombtype = PME</p>
<p>rcoulomb = 1.0</p>
<p>vdwtype = cut-off</p>
<p>rvdw = 1.4</p>
<p>fourierspacing = 0.135</p>
<p>fourier_nx = 0</p>
<p>fourier_ny = 0</p>
<p>fourier_nz = 0</p>
<p>pme_order = 4</p>
<p>ewald_rtol = 1e-5</p>
<p>optimize_fft = yes</p>
<p>Dispcorr = no</p>
<p>Tcoupl = v-rescale</p>
<p>tc-grps = protein sol NA+</p>
<p>tau_t = 0.1 0.1 0.1 </p>
<p>ref_t = 300 300 300 </p>
<p>Pcoupl = parrinello-rahman</p>
<p>Pcoupltype = isotropic</p>
<p>tau_p = 0.5</p>
<p>compressibility = 4.5e-5</p>
<p>ref_p = 1.0</p>
<p>gen_vel = yes </p>
<p>gen_temp = 300.0</p>
<p>gen_seed = 173529</p>
<p>constraints = all-bonds</p></span><br clear="all"><br>-- <br>Pawan</div>