<br><br>----- Original Message -----<br>From: leila separdar &lt;separdar.leila@gmail.com&gt;<br>Date: Sunday, November 21, 2010 19:15<br>Subject: Re: [gmx-users] request<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>hi <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>do I need any .pdb file for making .gro and .top file? <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>&nbsp; <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>I&nbsp;make .pdb&nbsp;&nbsp;file with hyperchem software and then I used pdb2gmx command in order to make .gro and .top files. but I think my way is wrong. is it true?<br><br><br>Sounds OK. We don't have anywhere near enough information to tell. If you'd done some tutorial material and perhaps some simple "normal" GROMACS simulation of your own, you'd have more confidence in your capacity to design a workflow.<br><br><br>Mark<br><br> <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>&nbsp; <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>is there anybody that done this simulation? <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>leila <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>&nbsp; <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>&nbsp; <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>&nbsp; <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>&nbsp; <div class="gmail_quote"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>On Sun, Nov 21, 2010 at 11:24 AM, Amit Choubey <span dir="ltr">&lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=kgp.amit@gmail.com')">kgp.amit@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br> <blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>Hi,  <br><br></blockquote></div> <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>Define an itp file which has the non-bonded info. Then define a mdp (md parameter file) and also make a structure file (gro). Also you need a topology file (top) which corresponds to the structure file. <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font><br> <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>You will have to do some background work. Manual should be your friend. <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font><br> <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>amit<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font><br> <div class="gmail_quote"> <br> <br></div> <div class="h5"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>On Sat, Nov 20, 2010 at 11:32 PM, leila separdar <span dir="ltr">&lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=separdar.leila@gmail.com')" target="1">separdar.leila@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br></div> <blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote"> <br> <br> <div class="h5"> <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>I am beginner with gromacs. I would like to simulate the behavior of glassy materials starting with simple Lennard Jones liquid.</div> <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>please advise me as to how to begin. <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>a relevent flowchart or tutorial would be of immerse help <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>thank you very much indeed.<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>--<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users@gromacs.org')" target="1">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="1"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>  Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="1">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>  www interface or send it to <a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users-request@gromacs.org')" target="1">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="1">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>  </blockquote><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>--<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users@gromacs.org')">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="1"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>  Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="1">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>  www interface or send it to <a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users-request@gromacs.org')">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="1">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px; ">&gt; </font><br> &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists