<br><br>----- Original Message -----<br>From: Hsin-Lin Chiang &lt;jiangsl@phys.sinica.edu.tw&gt;<br>Date: Monday, November 22, 2010 14:51<br>Subject: Re: [gmx-users] extending simulation without cpt file<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; &nbsp;Hi, Mark<br>&gt; <br>&gt; So, You mean I can get correct extending simulation without <br>&gt; using -e ede and -t trr in GROMACS ver.4.<br><br><br>Yes. That's what the link you gave says.<br><br><br>Mark<br><br>&gt; Then I can set my mind at rest.<br>&gt; <br>&gt; Thank you for your reply.<br>&gt; <br>&gt; Hsin-Lin<br>&gt; &gt;&gt;Hi, Today I use serach and find this topic.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;I got confused.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Extending_Simulations<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;According the page of "extending simulation", in GROMACS <br>&gt; ver.4, the commend is:<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;tpbconv -s previous.tpr -extend timetoextendby -o next.tpr<br>&gt; &gt;So you've created a new .tpr with a longer simulation time (but which<br>&gt; &gt;incidentally has the state of the previous .tpr)...<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt;mdrun -s next.tpr -cpi previous.cpt<br>&gt; &gt;... and told mdrun to use that longer time, and the current <br>&gt; state in the<br>&gt; &gt;checkpoint file. This will work, so long as you are not <br>&gt; attempting to<br>&gt; &gt;change the thermodynamic ensemble, or similar.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;Mark<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt;I use this two lines to continue my simulation and get success.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;But now I'm much worried my data is wrong since I didn't use -<br>&gt; e edr and -t trr as in the first line above.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;The way that tpbconv should -e -t files is written in the part <br>&gt; ver. 3.3.3 and before.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;My GROMACS version is 4.0.5.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;Am I right to use lines above to do extending simulation?<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;Hsin-Lin<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;----- Original Message -----<br>&gt; &gt;&gt;&gt;From: Yongchul Chung&lt;yxc...@case.edu&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;Date: Thursday, November 4, 2010 10:28<br>&gt; &gt;&gt;&gt;Subject: [gmx-users] extending simulation without cpt file<br>&gt; &gt;&gt;&gt;To: Discussion list for GROMACS users&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;Hello gmxers,<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;I am using GROMACS 4.0.3. I have original trr, edr, log and <br>&gt; tpr file but<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;erased cpt file. However, I need to extend the simulation <br>&gt; from the end of<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;the trajectory file. I know this will not be binary <br>&gt; identical as stated<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;here (http://www.gromacs.org/Documentation/How-<br>&gt; tos/Extending_Simulations).&gt;&gt;&gt;&gt;I used following commands.<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;tpbconv -s topol.tpr -extend 102000 -o topolnew.tpr<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;mdrun -s topolnew.tpr<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;When I do this and run the simulation, for some reason, the <br>&gt; simulation&gt;&gt;&gt;&gt;starts from t=0 instead of t=102000. it seems like <br>&gt; gromacs is writing the<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;file without recognizing it that it should start the <br>&gt; trajectory from 102000<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;ps. Is this a known bug? If so, is there a way around to <br>&gt; solve this problem?<br>&gt; &gt;&gt;&gt;You've extended the run time of the original simulation, and <br>&gt; forced it to<br>&gt; &gt;&gt;&gt;start from the state in the new .tpr, but that state came <br>&gt; from the original<br>&gt; &gt;&gt;&gt;.tpr. By contrast, mdrun -s -cpi replaces the .tpr state with <br>&gt; that of the<br>&gt; &gt;&gt;&gt;checkpoint.<br>&gt; &gt;&gt;&gt;Your best chance of continuing will come from reconstructing <br>&gt; the .mdp<br>&gt; &gt;&gt;&gt;suitably (use gmxcheck to compare resulting .tpr files) and <br>&gt; using grompp to<br>&gt; &gt;&gt;&gt;create a .tpr using the most recent endpoint permitted by <br>&gt; your .trr + .edr.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&nbsp; Actually, Justin's right. tpbconv needs -e -t files. <br>&gt; It's been so long since I<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&nbsp; used it, I'd forgotten :-)<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&nbsp; Mark<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;-------------- next part --------------<br>&gt; &gt;An HTML attachment was scrubbed...<br>&gt; &gt;URL: http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-<br>&gt; users/attachments/20101122/437e2152/attachment.html&gt;<br>&gt; &gt;------------------------------<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gr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