<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear Gromacs Users,<br><br>I was wondering if there is a way in Gromacs to calculate the number of atoms involved in residue-residue contacts (within a given cut-off distance, say 5 A) over the entire trajectory.<br>so if I have 100 residues and 500 frames, I would end with a 100X100X500 array (where 100 X 100 will be a symmetric matrix).<br><br>Look forward to your advice and suggestions.<br><br>Best,<br>nahren<br></td></tr></table><br>