<br>Hi,<br><br>you should probably do:<br><br>perl HB.pl -s .pdb -map .xpm -index .xpm<br><br>More details are written inside the perl script.<br><br>Cheers,<br>Carla<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 23, 2010 at 4:32 PM, leila karami <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:karami.leila1@gmail.com" target="_blank">karami.leila1@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear Justin<br><br>I study simulation of pr-dna complex. I want to know the percentage of existence of each hbond during my trajectory.<br>

I searched in previous lists. I want to use Perl script you offered to carla jamous:<br>
<a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2010-October/054727.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2010-October/054727.html</a><br><br>I&#39;m biginner in using of Perl script, when I use your Perl script,<br>


<br>Execution of ./HB.pl aborted due to compilation errors.<br><br>how to fix it?<br><br>any help will highly appreciated.<br><br><br><br><br clear="all"><br><br>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>