<div>Hi,</div>
<div> </div>
<div>I run a simulation of a protein in water(tip3p) system using charmm forcefield. I have specified the following energy groups:</div>
<div>Protein SOL and energy group tables Protein SOL SOL SOL. I set Coulombtype to User and VdW to Cut-off. I then generate tables as specified in the manual. To test the validity of these tables, I standard Coulomb and LJ6,12 tables.</div>


<div>I generate 4 tables - table.xvg, table_Protein_SOL.xvg, table_SOL_SOL.xvg and tablep.xvg (all identical)<br clear="all"></div>
<div>When I run grompp I get no errors. When I run mdrun, it stops after the first step as LINCS fails to converge.</div>
<div>I run the same simulation by changing the Coulombtype to Cut-off and without the tables and it runs.</div>
<div> </div>
<div>Can you suggest what could be going wrong?</div>
<div> </div>
<div>(python script)</div>
<div>Command used: cmd += &#39;(%s/mdrun_mpi -s rex_%d.tpr -e rex_%d -c after_rex_%d -cpi restart%d -cpo restart%d -cpt 0.1 -append -g rexlog%d -x rextraj%d -table table.xvg table_Protein_SOL.xvg table_SOL_SOL.xvg -tablep tablep.xvg &gt;/dev/null); &#39; %(GROMPATH,i,i,i,i,i,i,i)</div>


<div> </div>
<div>I tried this in two ways -</div>
<div>1) specified [ nonbonded_param ] for all Protein atoms and tip3p atoms</div>
<div>2) Not specifying them separately</div>
<div> </div>
<div>Thanks and regards</div>
<div>Pooja<br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br></div>