it was g_luck!!!....it changed...ok, now it seems it wors!<br>Thanks<br><br><div class="gmail_quote">2010/11/24 Rossella Noschese <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:noschese.rossella@gmail.com">noschese.rossella@gmail.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">ok, but when I type luck it says command not found, where&#39;s my mistake?<br><br><div class="gmail_quote">
2010/11/24 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><div><div></div><div class="h5"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><div></div><div>Quoting Rossella Noschese &lt;<a href="mailto:noschese.rossella@gmail.com" target="_blank">noschese.rossella@gmail.com</a>&gt;:<br>


<br>
&gt; Hi all, I&#39;m trying to install gromacs.4.5.3 on fedora 13.<br>
&gt; I followed the instruction on the website, I completed my make install and<br>
&gt; this was the output:<br>
&gt;   GROMACS is installed under /usr/local/gromacs.<br>
&gt; Make sure to update your PATH and MANPATH to find the<br>
&gt; programs and unix manual pages, and possibly LD_LIBRARY_PATH<br>
&gt; or /etc/ld.so.conf if you are using dynamic libraries.<br>
&gt;<br>
&gt; Please run &quot;make tests&quot; now to verify your installation.<br>
&gt;<br>
&gt; If you want links to the executables in /usr/local/bin,<br>
&gt; you can issue &quot;make links&quot; now.<br>
&gt;<br>
&gt; Since I understood I could set my environment later, I directly complete my<br>
&gt; make links.<br>
&gt; Then I added in my .bashrc the line:<br>
&gt; source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC.bash<br>
&gt;<br>
&gt; and it was added to mi $PATH and also my $MANPATH seems to be right<br>
&gt; (/usr/local/gromacs/share/man:)<br>
&gt;<br>
&gt; When I type GMXRC in the shell it comes:<br>
&gt; [Rossella@topolone ~]$ GMXRC<br>
&gt; /usr/local/gromacs/bin/GMXRC: line 35: return: can only `return&#39; from a<br>
&gt; function or sourced script<br>
&gt; /usr/local/gromacs/bin/GMXRC: line 44: CSH:: command not found<br>
&gt; /usr/local/gromacs/bin/GMXRC.csh: line 8: syntax error near unexpected token<br>
&gt; `setenv&#39;<br>
&gt; /usr/local/gromacs/bin/GMXRC.csh: line 8: `if (! $?LD_LIBRARY_PATH) setenv<br>
&gt; LD_LIBRARY_PATH &quot;&quot;&#39;<br>
&gt;<br>
&gt; Is there anyone that could help me?<br>
&gt;<br>
<br>
</div></div>You don&#39;t run GMXRC directly, you have to &quot;source GMXRC,&quot; but since you&#39;ve<br>
already done that in your .bashrc, there&#39;s no need to do it again.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<font color="#888888">--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div></div></div><br>
</blockquote></div><br>