<p>Dear Erik</p>
<p>thanks for your time and consideration.</p>
<p>you said by multiplying the existence functions for hbonds between protein and water and the hbonds between water and DNA, then using Justin&#39;s script, I can obtain percentage each water medited hydrogen bond during trajectory. and also you said I need to create a corresponding index file too.</p>

<p>now I write steps. please check accuracy of them.</p>
<p>1) obtaining hbond.ndx and hbmap.xpm from g_hbond tool for hbonds between protein and water. <br>2) obtaining hbond.ndx and hbmap.xpm from g_hbond tool for hbonds between dna and water.<br>3) multiplying the existence functions </p>

<p>how to multiply these two existence functions?<br>how to make new index file? should I write those lines from two hbond.ndx file above in which particular water hbonds to both protein and DNA?<br clear="all"><br>-- <br>
</p><pre style="FONT-FAMILY: arial,helvetica,sans-serif">Leila Karami<br>Ph.D. student of Physical Chemistry<br>K.N. Toosi University of Technology<br>Theoretical Physical Chemistry Group</pre><br>