I am using ffG43a1 forcefield. its .rtp file contains topology of Heme but Met SD and FE bond is not there.<div>Shahid Nayeem<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Nov 25, 2010 at 5:11 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Erik Marklund wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
shahid nayeem skrev 2010-11-24 18.02:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear all<br>
I am trying MD of cyt C containing heme. I am able to generate bonds with specbond.dat by pdb2gmx. After using editconf and genbox, when I tried grompp I got error about unrecognized bonds/angles. I made bond with MET SD and FE of Heme. As earlier suggested on this list I wrote to get parameter for these bonds but I couldnt get it. If someone on this mailing list can help me I will be grateful. Cyt C is very widely modelled protein with Gomacs in literature hence I expect to get some help from the forum.<br>

shahid nayeem<br>
</blockquote>
A long time ago I simulated CytC with one of the gromos force fields. It worked right out of the box. What forcefield are you using?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
The same problem is frequently reported.  The inter-residue bonds and angles are not assigned in pdb2gmx, nor are they present in the force field, IIRC.  Hence the fatal errors.  Perhaps something has changed since &quot;a long time ago,&quot; but I am sure problems exist in recent versions.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<div><div></div><div class="h5"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>