Hello all,<br>I am using charmm ff in Gromacs 4.5.2, everything goes right with standard proteins, but now<br>i want to run a simulation on a protein with a phosphorylated residue.<br>As mentionned in this post <a href="http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg35532.html" target="_blank">http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg35532.html</a>,<br>


I changed the rtp and hbd to add a specific section for the phosphorylated amino-acid, having checked <br>the parametres with charmm.<br>I still have the problem in pdb2gmx where it seems like he can&#39;t see the new definition and gives me<br>


the residue topology database error.<br>Is there another file where I have to specify the new amino-acids, I search all the files in the charmm<br>directory in gromacs top, but I still can&#39;t find another place where amino-acids are defined.<br>


Thanks for you help