Dear all, <br>I am trying to set up a REMD simulation for a peptide (CHARMM ff) in implicit solvent (OBC GB). <br>Following Bjelkmar et al* I am using stochastics dynamics integration with an inverse friction constant of 91 ps-1, 5 fs timestep, <br>

virtual-sites for hydrogens, all-vs-all nonbonded (no cutoff).  The full .mdp file is attached at the end of this mail. The problem I am <br>facing is that after a while, the temperatures of all replicas start dropping even below the lowest target temperature. <br>

Would you suggest changing some parameter or the whole thermostat to prevent this from happening?<br><br>@ s0 legend &quot;Temperature&quot;<br>    0.000000  310.811523<br>    5.000000  435.627045<br>   10.000000  417.161713<br>

   15.000000  414.248901<br>   20.000000  399.390686<br>   25.000000  375.087219<br>   30.000000  338.131256<br>   35.000000  339.961151<br>   40.000000  319.424561<br>   45.000000  290.442322<br>   50.000000  289.587921<br>

   55.000000  248.746246<br>   60.000000  253.192047<br>   65.000000  242.619476<br>   70.000000  256.051941<br>   75.000000  237.648468<br>   80.000000  231.938690<br>   85.000000  217.029953<br>   90.000000  211.447983<br>

   95.000000  210.393890<br>  100.000000  208.518417<br>  105.000000  196.718445<br>  110.000000  219.245682<br>  115.000000  202.957993<br>  120.000000  193.128159<br>  125.000000  198.278198<br>  130.000000  175.304108<br>

  135.000000  164.925613<br>  140.000000  195.024490<br>  145.000000  201.153046<br>  150.000000  211.160797<br>  155.000000  189.525085<br>  160.000000  191.156006<br>  165.000000  186.545242<br>  170.000000  186.885422<br>

  175.000000  182.838486<br>  180.000000  174.960098<br>  185.000000  175.244049<br>  190.000000  179.517975<br>  195.000000  165.785416<br>  200.000000  189.871048<br>  205.000000  179.510178<br>  210.000000  152.527710<br>

  215.000000  160.109955<br>  220.000000  163.564148<br><br><br><br><br><br><br><br><br><br>* &quot;Implementation of the CHARMM ff in GROMACS&quot; (2010) JCTC, 6, 459-466<br><br><br>; Run parameters<br>integrator          =  sd<br>

dt                  =  0.005    ; ps ! <br>nsteps              =  20000<br>nstcomm             = 1<br>comm_mode           = angular       ; non-periodic system<br><br>; Bond parameters<br>constraints             = all-bonds<br>

constraint_algorithm    = lincs<br>lincs-iter          = 1<br>lincs-order         = 6<br><br>; required cutoffs for implicit<br>nstlist             =  0  <br>ns_type             =  grid<br>rlist               =  0 <br>rcoulomb            =  0 <br>

rvdw                =  0 <br>epsilon_rf          =  0<br>rgbradii            =  0<br><br>; cutoffs required for qq and vdw<br>coulombtype         =  cut-off<br>vdwtype             =  cut-off<br><br>; temperature coupling<br>

tcoupl              = v-rescale<br>tc-grps             = system<br>tau-t               = 91<br>ref-t               = 300<br><br>; Pressure coupling is off<br>Pcoupl              = no<br><br>; Periodic boundary conditions are off for implicit<br>

pbc                 = no<br><br>; Settings for implicit solvent<br>implicit_solvent    = GBSA<br>gb_algorithm        = OBC<br>gb_epsilon_solvent  = 78.3<br>sa_surface_tension  = 2.25936<br><br>;Output control<br>nstxout             = 1000<br>

nstfout             = 0<br>nstvout             = 0<br>nstxtcout           = 0<br>nstlog              = 1000<br>nstcalcenergy       = -1<br>nstenergy           = 1000<br><br>; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN<br>gen_vel = yes<br>

gen_temp = 300<br>gen_seed = 1993<br><br><br><br>