I also noticed this error on my setup, so I changed tau-t to 0.1, which is commonly found on others setup.<br>tau-t = 0.0109 seems too low.<br><br><div class="gmail_quote">2010/11/26 Per Larsson <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:per.larsson@sbc.su.se">per.larsson@sbc.su.se</a>&gt;</span><br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi!<br>
<br>
Have never tried remd with implicit solvent, but note that the unit of tau-t in the mdp-file is ps, not ps-1. This means you should set tau-t = 0.0109 rather than 91.<br>
<br>
Try this and see if the problem goes away!<br>
<br>
/Per<br>
<br>
26 nov 2010 kl. 15:55 skrev César Ávila &lt;<a href="mailto:clavila@gmail.com">clavila@gmail.com</a>&gt;:<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
&gt; Dear all,<br>
&gt; I am trying to set up a REMD simulation for a peptide (CHARMM ff) in implicit solvent (OBC GB).<br>
&gt; Following Bjelkmar et al* I am using stochastics dynamics integration with an inverse friction constant of 91 ps-1, 5 fs timestep,<br>
&gt; virtual-sites for hydrogens, all-vs-all nonbonded (no cutoff).  The full .mdp file is attached at the end of this mail. The problem I am<br>
&gt; facing is that after a while, the temperatures of all replicas start dropping even below the lowest target temperature.<br>
&gt; Would you suggest changing some parameter or the whole thermostat to prevent this from happening?<br>
&gt;<br>
&gt; @ s0 legend &quot;Temperature&quot;<br>
&gt;     0.000000  310.811523<br>
&gt;     5.000000  435.627045<br>
&gt;    10.000000  417.161713<br>
&gt;    15.000000  414.248901<br>
&gt;    20.000000  399.390686<br>
&gt;    25.000000  375.087219<br>
&gt;    30.000000  338.131256<br>
&gt;    35.000000  339.961151<br>
&gt;    40.000000  319.424561<br>
&gt;    45.000000  290.442322<br>
&gt;    50.000000  289.587921<br>
&gt;    55.000000  248.746246<br>
&gt;    60.000000  253.192047<br>
&gt;    65.000000  242.619476<br>
&gt;    70.000000  256.051941<br>
&gt;    75.000000  237.648468<br>
&gt;    80.000000  231.938690<br>
&gt;    85.000000  217.029953<br>
&gt;    90.000000  211.447983<br>
&gt;    95.000000  210.393890<br>
&gt;   100.000000  208.518417<br>
&gt;   105.000000  196.718445<br>
&gt;   110.000000  219.245682<br>
&gt;   115.000000  202.957993<br>
&gt;   120.000000  193.128159<br>
&gt;   125.000000  198.278198<br>
&gt;   130.000000  175.304108<br>
&gt;   135.000000  164.925613<br>
&gt;   140.000000  195.024490<br>
&gt;   145.000000  201.153046<br>
&gt;   150.000000  211.160797<br>
&gt;   155.000000  189.525085<br>
&gt;   160.000000  191.156006<br>
&gt;   165.000000  186.545242<br>
&gt;   170.000000  186.885422<br>
&gt;   175.000000  182.838486<br>
&gt;   180.000000  174.960098<br>
&gt;   185.000000  175.244049<br>
&gt;   190.000000  179.517975<br>
&gt;   195.000000  165.785416<br>
&gt;   200.000000  189.871048<br>
&gt;   205.000000  179.510178<br>
&gt;   210.000000  152.527710<br>
&gt;   215.000000  160.109955<br>
&gt;   220.000000  163.564148<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; * &quot;Implementation of the CHARMM ff in GROMACS&quot; (2010) JCTC, 6, 459-466<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; ; Run parameters<br>
&gt; integrator          =  sd<br>
&gt; dt                  =  0.005    ; ps !<br>
&gt; nsteps              =  20000<br>
&gt; nstcomm             = 1<br>
&gt; comm_mode           = angular       ; non-periodic system<br>
&gt;<br>
&gt; ; Bond parameters<br>
&gt; constraints             = all-bonds<br>
&gt; constraint_algorithm    = lincs<br>
&gt; lincs-iter          = 1<br>
&gt; lincs-order         = 6<br>
&gt;<br>
&gt; ; required cutoffs for implicit<br>
&gt; nstlist             =  0<br>
&gt; ns_type             =  grid<br>
&gt; rlist               =  0<br>
&gt; rcoulomb            =  0<br>
&gt; rvdw                =  0<br>
&gt; epsilon_rf          =  0<br>
&gt; rgbradii            =  0<br>
&gt;<br>
&gt; ; cutoffs required for qq and vdw<br>
&gt; coulombtype         =  cut-off<br>
&gt; vdwtype             =  cut-off<br>
&gt;<br>
&gt; ; temperature coupling<br>
&gt; tcoupl              = v-rescale<br>
&gt; tc-grps             = system<br>
&gt; tau-t               = 91<br>
&gt; ref-t               = 300<br>
&gt;<br>
&gt; ; Pressure coupling is off<br>
&gt; Pcoupl              = no<br>
&gt;<br>
&gt; ; Periodic boundary conditions are off for implicit<br>
&gt; pbc                 = no<br>
&gt;<br>
&gt; ; Settings for implicit solvent<br>
&gt; implicit_solvent    = GBSA<br>
&gt; gb_algorithm        = OBC<br>
&gt; gb_epsilon_solvent  = 78.3<br>
&gt; sa_surface_tension  = 2.25936<br>
&gt;<br>
&gt; ;Output control<br>
&gt; nstxout             = 1000<br>
&gt; nstfout             = 0<br>
&gt; nstvout             = 0<br>
&gt; nstxtcout           = 0<br>
&gt; nstlog              = 1000<br>
&gt; nstcalcenergy       = -1<br>
&gt; nstenergy           = 1000<br>
&gt;<br>
&gt; ; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN<br>
&gt; gen_vel = yes<br>
&gt; gen_temp = 300<br>
&gt; gen_seed = 1993<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div></div>&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<font color="#888888">--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br>