<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi,<div><br></div><div>You should install the 4.5.3 version of GROMACS which has support for heme (see gromacs homepage).</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Pär Bjelkmar</div><div><br><div><div>27 nov 2010 kl. 06.12 skrev shahid nayeem:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi&nbsp;<div>I am need of charmm27 forcefield in gromacs form. I am trying to simulate heme protein which is bonded to MET S and HIS N. Please help me. I downloaded the files from site but these do not have topology of heme. waiting for your response.</div>
<div>Shahid Nayeem</div><div>Ph. D student</div><div>IIT Delhi</div><div>India</div>
</blockquote></div><br></div><br><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;</font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Pär Bjelkmar, Ph.D. student<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">                </span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><br class="webkit-block-placeholder"></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Stockholm Center for Biomembrane Research (CBR),</font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Stockholm Bioinformatics Center (SBC),</p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Department of Biochemistry and Biophysics (DBB),</p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Stockholm University</p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><br class="webkit-block-placeholder"></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Tel:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>+46-8-16 2746<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Fax:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>+46-8-15 3679<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">E-mail: <a href="mailto:bjelkmar@cbr.su.se">bjelkmar@cbr.su.se</a><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; "></span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Home:&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; "><span class="Apple-style-span" style="white-space: normal; "><a href="http://www.dbb.su.se/User:Bjelkmar">http://www.dbb.su.se/User:Bjelkmar</a><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span></span></span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;</font></p></div></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></span>
</div>
<br></body></html>