Hi,<br><br>I was wondering how does a thermostat work in a Non Equilibrium Simulation(NEMD) in GROMACS.<br>Does it subtract out the streaming velocity before applying the thermostat or does it not apply thermostat at all in <br>
the direction of the applied acceleration? <br>Thanks.<br><br>Apoorv Kalyankar<br>Graduate Student<br>Mechanical Science and Engineering<br>Unviersity of Illinois at Urbana-Champaign<br>