<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hello,<br>I have an old trajectory simulated using the Charmm force field and I would like to get the Phi/Psi dihedral combinations as a function of time, using g_raman. I am using a single pdb to start with.<br>I created a topology for this pdb using:<br><br>pdb2gmx -f protein.pdb -o protein_gmx.pdb -p topol.top (and selecting&nbsp; 8: CHARMM27 all-atom force field (with CMAP) - version 2.0beta)<br><br>Then, I generated a .tpr file using grompp and I used the g_raman tool:<br><br>g_rama -f protein_gmx.gro -s topology.tpr -o rama.xvg<br><br>I get a file called rama.xvg with a pair value for each residue (except for the terminal ones), that is something like:<br><br>@ s0 symbol 2<br>@ s0 symbol size 0.4<br>@ s0 symbol fill 1<br>-83.2716&nbsp; 85.9943&nbsp; LYS-2<br>-89.0885&nbsp; 36.4162&nbsp; ILE-3<br>-91.7006&nbsp; 61.4224&nbsp; GLY-4<br>(...)<br><br>But I get a lot of messages saying:<br><br>Reading file topology.tpr, VERSION 4.5 (single precision)<br>Found 166 phi-psi combinations<br>Dihedral around 24,26 not found in topology. Using mult=3<br>Dihedral around 26,44 not found in topology. Using mult=3<br>Dihedral around 46,48 not found in topology. Using mult=3<br>Dihedral around 48,63 not found in topology. Using mult=3<br>Dihedral around 65,67 not found in topology. Using mult=3<br>(...)<br>Dihedral around 2526,2528 not found in topology. Using mult=3<br>Dihedral around 2528,2544 not found in topology. Using mult=3<br>Dihedral around 2546,2548 not found in topology. Using mult=3<br>Dihedral around 2548,2551 not found in topology. Using mult=3<br><br>I have seen there are other people in the Gromacs list that have asked about this question, but I could not find any help from the answers there.<br><br>Any help will be very appreciated!<br><br>Thanks a lot in advance,<br><br>Rebeca Garcia<br>Universidad de Santiago de Compostela<br>Spain<br>regafan@hotmail.com<br><br><br><br>                                               </body>
</html>