<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=x-gbk" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 30/11/2010 11:10 AM, 英雄不再寂寞 wrote:
    <blockquote cite="mid:tencent_026613AC3FFD5CF8019D04DD@qq.com"
      type="cite">
      <div>Dear Mark,</div>
      <div>&nbsp; Thank you for your reply. It seems reasonable to deal with
        a frame at one time. But in my code, the coordinates in two
        different frames are frequently required to compare to each
        other. Other part of this code&nbsp;is like g_msd which calculates
        the mean-squared displacements for the atoms satisfied with the
        conditions. So, first of all, I had better save the coordinates
        in the 2D-arrays using xdrfile. I do not find such a tool in gmx
        that can realize it. Is there any other algorithms to do so more
        effectively? Please provide more detail about it.</div>
    </blockquote>
    <br>
    You'll have fewer headaches if you build your arrays as
    position[frame][atom][axisdirection] i.e. of rvec**. You'll also
    likely get better cache performance than if you separate the x, y
    and z coordinates, which you're likely to want to use together.<br>
    <br>
    If you're doing an all-against-all analysis, you can structure that
    as two loops over frames such that you only need two frames in
    memory at any time. Likewise if you can determine the pairs of
    frames that need to be analysed, and put them in a sorted list.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:tencent_026613AC3FFD5CF8019D04DD@qq.com"
      type="cite">
      <div>Yours sincerely,</div>
      <div>Chaofu Wu, Dr.</div>
      <div><includetail>
          <div>&nbsp;</div>
          <div>&nbsp;</div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0);">
            <div style="padding: 2px 0px; font-size: 12px; font-family:
              Arial Narrow;">------------------&nbsp;原始邮件&nbsp;------------------</div>
            <div style="padding: 8px; font-size: 12px; background: none
              repeat scroll 0% 0% rgb(239, 239, 239);">
              <div id="menu_sender"><b>发件人:</b>&nbsp;"Mark
                Abraham"<a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">&lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;</a>;</div>
              <div><b>发送时间:</b>&nbsp;2010年11月29日(星期一) 晚上7:38</div>
              <div><b>收件人:</b>&nbsp;"Discussion list for GROMACS
                users"<a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</a>; <wbr></div>
              <div><b>主题:</b>&nbsp;Re: [gmx-users] How to save the
                coordinates of all atoms inthe 2D-arrays using xdrfile?</div>
            </div>
            <div>&nbsp;</div>
            On 28/11/2010 12:12 AM, 英雄不再寂寞 wrote:<br>
            &gt; Dear gmxers,<br>
            &gt; I am trying to perform an analysis on the trjectory
            file using xdrfile <br>
            &gt; library. First of all, I want to save the coordinates
            of all atoms in <br>
            &gt; three 2D-arrays, i.e. xx[step-1][natom-1],
            yy[step-1][natom-1], <br>
            &gt; zz[step-1][natom-1]. How to do so? Could you give me
            some hints, <br>
            &gt; please? If you had happened to do so, could you kindly
            send the code <br>
            &gt; to me? Thanks a lot.<br>
            &gt; Yours sincerely,<br>
            &gt; Chaofu Wu, Dr.<br>
            <br>
            You probably don't want to do that, because it doesn't scale
            to large <br>
            numbers of trajectory frames - you will run out of memory
            eventually. If <br>
            at all possible you should structure your algorithm to deal
            with one <br>
            frame at a time. There are already GROMACS functions that
            make that <br>
            easy. Pick a GROMACS trajectory analysis tool that sounds
            fairly simple <br>
            and vaguely similar to what you want to do, and look at how
            its code works.<br>
            <br>
            Mark<br>
            -- <br>
            gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
            <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
            Please search the archive at
            <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before
            posting!<br>
            Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
            the <br>
            www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
            Can't post? Read
            <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
          </div>
        </includetail></div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>