<font size="2"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Dear Justin</span><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">thanks for your attention.</span><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">
<br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">1) my system consists of protein, dna, and water. In my .ndx file, protein-H is all of non hydrogen atoms of protein and dna. it is my </span></font><font size="2"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"></span>nomination for .ndx file.<br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">
<br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"></span></font>2) I want to obtain number of water molecule which are simultaneously closer than 3 A° from protein<font style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" size="2"> and DNA<i> </i>and not protein or dna.</font><font size="2"><i><br>
</i></font>
<pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><font size="2"><i><br></i></font></pre><font size="2"><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" clear="all">
<br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">-- </span><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"></font><pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">
<font size="2">Leila Karami<br>Ph.D. student of Physical Chemistry<br>K.N. Toosi University of Technology<br>Theoretical Physical Chemistry Group</font></pre><font size="2"><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">
</font>