Dear Gromacs Users:<br><br>I was wondering if there is a way to introduce an intra-chain peptide bond between side chains of LYS1 and GLU30 of Pin1 WW domain (PDB ID: 1I6C, Model 1). I&#39;m trying to check if additional stability can be acquired from cyclisation using MD simulation. <br>
<br>The distance between NZ of LYS1 and CD of GLU30 is 3.3A. How can I make them to be close enough to form a peptide bond, and even if I manage to get them close enough, how can I actually introduce a peptide bond? Should I add modified residue information to somewhere? <br>
<br>Thanks in advance!<br><br>Best regards,<br>Semin<br>