<div dir="ltr">Hello all!<br>I would like to insert a molecule to a membrane system and would like to start from a specific position of the molecule (hydrocarbon or lipid headgroups). I tried doing that in Pymol after converting the merged gro into pdb (using editconf) but when I saved the file in Pymol the order of the lipids atoms got mixed up and it does not match the dppc.itp anymore. Then it caused problems in grompp.<br>
Do you have another way to set the position of the molecule in the system? maybe without converting to PDB...??<br><br><br>Thanks,<br>Adva.<br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Adva Yeheskel<br>
Bioinformatics Unit<br>Rm 001, Sherman bldg.,<br> G.S.W. Faculty of Life Sciences<br> Tel-Aviv University, ISRAEL 69978 <br> <br> Tel: 972-3-6406840; Fax: 972-3-6405098<br> E-mail: </font><a href="mailto:suezadva@tauex.tau.ac.il" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">suezadva@tauex.tau.ac.il</font></a><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br>
 Web-site: </font><div style="display: inline;"><span style="border-collapse: collapse;"><a href="http://www.tau.ac.il/lifesci/bioinformatics.html" style="color: rgb(28, 81, 168);" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">http://www.tau.ac.il/lifesci/</font><font face="arial, helvetica, sans-serif">bioinformatics.html</font></a></span></div>
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