
<html>

<head>

<style><!--

.hmmessage P

{

margin:0px;

padding:0px

}

body.hmmessage

{

font-size: 10pt;

font-family:Tahoma

}

--></style>

</head>

<body class='hmmessage'>

Hello,<br>I am trying to calculate the Ramachandran plot for a molecules based on non-standar aminoacids, parametrized with the Gaff force field and simulated with Gromacs 4.0.7.&nbsp; <br>When I try using g_rama -f trajectory.xtc -s topology.tpr -o rama.xvy <br>I get: Found 0 phi-psi combinations.<br><br>I suppose the problem is the nomenclature of my atoms, since I don´t have any CA named atoms.<br><br>Is there any way to calculate g_rama for non-standar residues defining the atoms I need?<br><br>Thanks a lot for your help.<br><br>Best whishes, <br><br>Rebeca Garcia<br>Santiago de Compostela University<br>Spain<br>                                               </body>

</html>