Dear users<br> Here is my problem:<br> I just changed my GMX version from 4.0 to 4.5.<br> But the task was in a Segmentation fault, whileI can "mdrun" it well in 4.0 environment .<br> <br><br> Here is the error:<br><br><br><br><br> Step 1902, time 1.902 (ps) LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 1057.527961, max 39594.472656 (between atoms 5543 and 5541)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length<br><br>Step 1902, time 1.902 (ps) LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 598.238330, max 39421.507812 (between atoms 5544 and 5546)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length<br> 2136 2138 32.4 0.1759 0.1096 0.1096<br> 6874 6869 44.6 0.1103 0.1082 0.1082<br> 5728 5727 90.0 0.1111 0.2223 0.1090<br> 7024 7023 90.0 0.1111 0.1591 0.1090<br> 7025 7023 90.0 0.1111 2.7347 0.1090<br> 7027 7026 90.0 0.1118 2.7603 0.1096<br> 7028 7026 90.0 0.1118 1.7013 0.1096<br> 7029 7030 90.0 0.1559 0.2336 0.1096<br> 7029 7031 90.0 0.2080 2.4955 0.1096<br> 8377 8376 41.3 0.1118 0.1095 0.1096<br> 8385 8382 143.8 0.1115 2.5694 0.1094<br> 8384 8382 90.0 0.1115 0.2055 0.1094<br> 5684 5682 42.6 0.1118 0.1096 0.1096<br> 8383 8382 90.0 0.1115 0.2720 0.1094<br> 5436 5435 34.8 0.1113 2.4639 0.1092<br> 5437 5435 90.0 0.1113 0.8917 0.1092<br> 5438 5435 90.0 0.1113 0.2059 0.1092<br> 5530 5525 95.5 0.1637 46.5184 0.1082<br> 5536 5535 90.0 0.1111 63.8121 0.1090<br> 5537 5535 110.7 0.1111 2.1859 0.1090<br> 5539 5538 90.0 0.1118 5.2483 0.1096<br> 5540 5538 90.0 0.1118 0.5557 0.1096<br> 5542 5541 105.9 0.1118 4.8490 0.1096<br> 5543 5541 90.0 0.1118 4340.0601 0.1096<br> 5480 5473 54.7 0.1103 0.1082 0.1082<br> 5545 5544 89.4 0.1118 18.5327 0.1096<br> 5544 5546 90.0 0.2399 4321.1011 0.1096<br> 5245 5243 36.6 0.1113 0.1093 0.1092<br> 2794 2789 90.0 0.1103 0.3056 0.1082<br> 4160 4158 90.0 0.1115 0.1108 0.1094<br> 8456 8449 90.0 0.1103 3.7825 0.1082<br> 7029 7030 90.0 0.1559 0.2336 0.1096<br> 4520 4513 90.0 0.1103 0.2065 0.1082<br> 7029 7031 90.0 0.2080 2.4955 0.1096<br> 7033 7032 90.0 0.1118 2.6289 0.1096<br> 7034 7032 90.0 0.1118 0.4015 0.1096<br> 4524 4523 65.1 0.1113 0.1091 0.1092<br> 10281 10276 68.7 0.1105 0.1083 0.1083<br> 7041 7038 35.7 0.1115 0.1094 0.1094<br> 2136 2138 32.4 0.1759 0.1096 0.1096<br> 10282 10277 90.0 0.1103 0.1607 0.1082<br> 10288 10287 90.0 0.1111 0.3496 0.1090<br> 5544 5546 90.0 0.2399 4321.1011 0.1096<br> 5544 5545 89.4 0.1118 18.5327 0.1096<br> 5548 5547 90.0 0.1118 1.0539 0.1096<br> 5549 5547 48.5 0.1118 0.1038 0.1096<br> 2800 2799 90.0 0.1111 2.8513 0.1090<br> 2801 2799 90.0 0.1111 0.6884 0.1090<br> 10291 10290 90.0 0.1118 0.1451 0.1096<br> 3520 3519 90.0 0.1111 1.1565 0.1090<br> 3521 3519 90.0 0.1111 0.7086 0.1090<br> 3525 3526 90.0 0.2190 12.9248 0.1096<br> 3525 3527 90.0 0.1127 0.1825 0.1096<br> 5494 5493 50.9 0.1118 0.1038 0.1096<br> 5495 5493 90.0 0.1118 1.3247 0.1096<br> 8460 8459 90.0 0.1113 1.3661 0.1092<br> 8461 8459 90.0 0.1113 0.2465 0.1092<br> 8462 8459 90.0 0.1113 0.2054 0.1092<br> 3525 3526 90.0 0.2190 12.9248 0.1096<br> 3525 3527 90.0 0.1127 0.1825 0.1096<br> 4528 4527 90.0 0.1111 1.1331 0.1090<br> 4529 4527 32.8 0.1111 0.1132 0.1090<br> 4531 4530 90.0 0.1118 0.1824 0.1096<br> 4532 4530 40.4 0.1118 3.0513 0.1096<br> 4535 4533 90.0 0.1118 0.1212 0.1096<br> 10280 10273 90.0 0.1103 0.3980 0.1082<br> 6648 6649 90.0 0.1118 2.0258 0.1096<br> 6653 6651 90.0 0.1118 1.9735 0.1096<br> 6657 6654 90.0 0.1115 2.2662 0.1094<br> 4522 4517 46.8 0.1103 0.1082 0.1082<br> 6646 6645 90.0 0.1117 1.3712 0.1096<br> 6985 6984 41.0 0.1118 0.1096 0.1096<br> 3529 3528 90.0 0.1118 0.1886 0.1096<br> 3530 3528 90.0 0.1118 0.1834 0.1096<br> 2991 2992 90.0 0.2281 61.6154 0.1090<br> 2991 2993 90.0 0.1982 0.3326 0.1090<br> 6647 6645 90.0 0.1118 0.6161 0.1096<br> 6649 6648 90.0 0.1118 2.0258 0.1096<br> 2997 2998 93.3 0.1771 9.1908 0.1096<br> 2997 2999 90.0 0.1311 517.9474 0.1096<br> 3574 3573 90.0 0.1118 0.4534 0.1096<br> 2984 2977 90.0 0.1103 2.8493 0.1082<br> 2991 2992 90.0 0.2281 61.6154 0.1090<br> 2991 2993 90.0 0.1982 0.3326 0.1090<br> 7696 7695 90.0 0.1111 0.3593 0.1090<br> 7697 7695 90.0 0.1111 0.3558 0.1090<br> 7699 7698 90.0 0.1118 0.1793 0.1096<br> 2995 2994 30.1 0.1118 0.1096 0.1096<br> 2997 2998 93.3 0.1771 9.1908 0.1096<br> 7701 7703 90.0 0.2615 2.0053 0.1096<br> 2997 2999 90.0 0.1311 517.9474 0.1096<br> 3184 3183 103.4 0.1111 2.7989 0.1090<br> 3185 3183 90.0 0.1111 101.8118 0.1090<br> 3196 3195 90.0 0.1118 0.2233 0.1096<br> 6627 6631 90.0 0.2498 0.1126 0.1085<br> 3001 3000 87.3 0.1118 197.4325 0.1096<br> 3002 3000 86.8 0.1118 24.5019 0.1096<br> 7701 7703 90.0 0.2615 2.0053 0.1096<br> 6627 6631 90.0 0.2498 0.1126 0.1085<br> 3133 3131 32.2 0.1113 0.1093 0.1092<br> 5785 5784 90.0 0.1118 0.2290 0.1096<br> 349 347 31.3 0.1113 0.1092 0.1092<br> 6009 6004 49.2 0.1105 0.1083 0.1083<br> 10340 10338 90.0 0.1118 0.1320 0.1096<br> 10342 10341 90.0 0.1145 0.1203 0.1096<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Segmentation fault<br><br>I don't know if this is suitable here,if someone come across the same problem,please give me a hand.<br>Thank you very much for reading~ ^_^<br><br>
<br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"><hr/>
<a href="http://help.163.com/special/007525G0/163mail_guide.html?id=2716" target="_blank">网易163/126邮箱百分百兼容iphone ipad邮件收发</a>
</span></span>