Hi,<br><br>I was trying to run MD simulation of my protein in DMSO. I used the force field ffG53a6 and did the energy minimization after solvating the protein in DMSO box.<br>But after solvating in DMSO, the structure is changing. My protein is a homodimer and the loop at the dimer interface is converting into a sheet.<br>

Please suggest where I am going wrong since the structure shouldnot change after solvation.<br><br><br>Regards<br clear="all">Swagata Chakraborty<br>Research Scholar,<br>Department of Chemical Sciences,<br>Tata Institute of Fundamental Research, <br>

Mumbai-400005<br><br>