<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">

  </head>

  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

    Hi, Mark<br>

    <br>

    Thank you for your reply.<br>

    I know -skip -sep is more robust.<br>

    Since the definition talked about nr-th frame but not nr-th ps.<br>

    <br>

    -skip     int     1     Only write every nr-th frame<br>

    -[no]sep     bool     no     Write each frame to a separate .gro,

    .g96 or .pdb file<br>

    <br>

    The problem is that -skip 1000 -sep didn't consist of several time

    frames in the same file but just write nr-th frame.<br>

    That's why I use -split 1000 -timestep 1 according these definitions

    found in manual.<br>

    <br>

    -split     time     0     Start writing new file when t MOD split =

    first time (ps)<br>

    -timestep     time     0     Change time step between input frames

    (ps)<br>

    With <tt>-dt</tt> it is possible to reduce the number of frames in

    the output. This option relies on the accuracy of the times

    in your input trajectory, so if these are inaccurate use the

    <tt>-timestep</tt> option to modify the time (this can be done

    simultaneously).<br>

    <br>

    Would you please teach how to use -skip -sep to get the same kind of

    file which include all of 1000ps time frames together in a 1ns gro

    file?<br>

    <br>

    I'll appreciate to any helps.<br>

    <br>

    Sincerely yours,<br>

    Hsin-Lin<br>

    <blockquote type="cite">

      <pre>&gt;<i>  Hi,

</i>&gt;<i> 

&gt; My time unit is 1ps and today I have 300ns data generated by parallel simulation.

</i>&gt;<i> I use trjconv -split 1000 on my trajectory but get the truncated end at t= 5000.00000

</i>&gt;<i> Theoretically it should stop at t= 1000.000

</i>&gt;<i> I found that I don't have t= 1000.00000 frame but have t= 1000.00006, 2000.00012, 3000.00024, and t= 4000.00024.

</i>&gt;<i> 

&gt; I know I can add -timestep 1 to solve this problem and let file can be truncated at t= 1000.00006.

</i>&gt;<i> 

&gt; How does this kind of inaccurate time frames happen?

&gt; Is this trajectory a wrong result?

</i>&gt;<i> 

</i>I just wrote a FAQ+wiki page for this, since it gets asked a bit. See <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic">http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic</a>

trjconv -skip -sep is a more robust approach here

Mark

</pre>

    </blockquote>

  </body>

</html>