<br /><br /><span>On 12/07/10, nishap.patel@utoronto.ca wrote:</span><blockquote cite="mid:20101206182614.xhb2mt9c004skogg@webmail.utoronto.ca" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Quoting &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;jalemkul@vt.edu&gt;:<br /><br /> I actually want to plot my simulation with ad without the attractive term C6 of van der Waals and superimpose them to see the difference.</div></blockquote><br />g_sigeps -c6 0 probably does that. See g_sigeps -h<br /><br />Mark<br /><blockquote cite="mid:20101206182614.xhb2mt9c004skogg@webmail.utoronto.ca" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br />&gt;<br />&gt;<br />&gt;nishap.patel@utoronto.ca wrote:<br />&gt;&gt;Quoting &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;jalemkul@vt.edu&gt;:<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; How does sigeps read the input file? I tried using sigeps to plot  LJ for different solutes in solvent and it gives me the same C6 and  C12 value, when it runs, which seems a weird.<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt;c6    =  1.00000e-03, c12    =  1.00000e-06<br />&gt;&gt;sigma =      0.00000, epsilon =      0.00000<br />&gt;&gt;Van der Waals minimum at 0, V = nan<br />&gt;<br />&gt;g_sigeps does not take any input file.  It produces an LJ curve based<br />&gt;on command line parameters.  I guess this is not what you are after,<br />&gt;although that's exactly what it sounded like from your last post.<br />&gt;Perhaps you need to re-phrase your question.  If you just want to plot<br />&gt;van der Waals energy terms, use g_energy to pull them out of the .edr<br />&gt;file.<br />&gt;<br />&gt;-Justin<br />&gt;<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt;Is it the default?<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;nishap.patel@utoronto.ca wrote:<br />&gt;&gt;&gt;&gt;Hello,<br />&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt; Is there an option to plot Lennard Jones potential? I tried   looking through the list and manual but I did not find any   suggestions on how I could plot a LJ 6-12 potential plot.<br />&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;g_sigeps<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;-Justin<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt;Nisha<br />&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;-- <br />&gt;&gt;&gt;========================================<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;Justin A. Lemkul<br />&gt;&gt;&gt;Ph.D. Candidate<br />&gt;&gt;&gt;ICTAS Doctoral Scholar<br />&gt;&gt;&gt;MILES-IGERT Trainee<br />&gt;&gt;&gt;Department of Biochemistry<br />&gt;&gt;&gt;Virginia Tech<br />&gt;&gt;&gt;Blacksburg, VA<br />&gt;&gt;&gt;jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br />&gt;&gt;&gt;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="l">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;========================================<br />&gt;&gt;&gt;-- <br />&gt;&gt;&gt;gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br />&gt;&gt;&gt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />&gt;&gt;&gt;Please search the archive at<br />&gt;&gt;&gt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />&gt;&gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br />&gt;&gt;&gt;interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />&gt;&gt;&gt;Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt;<br />&gt;<br />&gt;-- <br />&gt;========================================<br />&gt;<br />&gt;Justin A. Lemkul<br />&gt;Ph.D. Candidate<br />&gt;ICTAS Doctoral Scholar<br />&gt;MILES-IGERT Trainee<br />&gt;Department of Biochemistry<br />&gt;Virginia Tech<br />&gt;Blacksburg, VA<br />&gt;jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br />&gt;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="l">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br />&gt;<br />&gt;========================================<br />&gt;-- <br />&gt;gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br />&gt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />&gt;Please search the archive at<br />&gt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br />&gt;interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />&gt;Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br /><br /><br /><br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /></div></blockquote>