Dear Oliver<br><br>very thanks for your help.<br><br>Justin&#39;s perl script is good for direct hydrogen bonds, while I want to study water<br>mediated hydrogen bonds and residence time and occupation of them.<br><br>Are youe sure g_hbond give you residence time of hydrogen bonds?<br>
<br>before you said you used a script to change the pdb file for compatibility with amber.<br><br>please share me that.<br clear="all"><br>-- <br><pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Leila Karami<br>Ph.D. student of Physical Chemistry<br>
K.N. Toosi University of Technology<br>Theoretical Physical Chemistry Group</pre><br>