<font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">I have construct two table files: </font><span class="Apple-style-span" style="font-size: 13px; border-collapse: collapse; "><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">table_b0.xvg for A-A bond, table_b1.xvg for B-B bond.</font></span><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">and generated the bonds part of the topology file like this:</font></span></div><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">[ bonds ]</font></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">; ai    aj     funct     table_number    k</font></span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">  1     2        8             0                1.000</font></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">  2     3        8             0                1.000</font></span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">...... </font></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">  55   56       8             1                1.000</font></span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">  56   57       8             2                1.000</font></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">......</font></span></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">as force constant k is a function, so I set k = 1.000 and combine it with f.</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif"> </font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">Am I correct?</font></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px; color: rgb(51, 51, 51); line-height: 25px; "><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">Thank you very much. I really appreciate your help</font></span><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">, </font><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; "><font class="Apple-style-span" face="&#39;times new roman&#39;, serif">Justin.</font><br>
</span><br>-- <br><b><i><div><span style="font-weight:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Jia Haitao</font></span></div><div><span style="font-weight:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif">State Key Laboratory of Polymer Physics and Chemistry</font></span></div>
<div><span style="font-weight:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Changchun Institute of Applied Chemistry</font></span></div><div><span style="font-weight:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Chinese Academy of Sciences</font></span></div>
<div><span style="font-weight:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Changchun 130022, CHINA</font></span></div></i></b><br>
</div>