<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1">
<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">
<div style="">Hey,<br>
<br>
I've been performing a pull simulation of a protein, all seems to work fine however after I convert the .xtc file into seperate .gro files and load those into VMD to visualise the simulation something weird happens.&nbsp; Every 50 frames or so a random bond within
 the backbone of the protein (not necessarily near the point of pulling or unfolding) seems to extend and spike out massively from the structure - does anyone know why that would be happening?&nbsp;
<br>
</div>
<div><br>
Thanks for your help <br>
Natalie<br>
<div style="font-family: Tahoma; font-size: 13px;"><br>
<br>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>