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<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">

<div style="">Hi,<br>

<br>

I've come across this error when performing grompp of my pull files before an afm simulation.&nbsp; I'm not really sure I understand why it's saying it ... I've checked over my index file and the atom is part of the solvent I've solvated the box with during genbox

 commands.&nbsp; <br>

<br>

The input on the grompp I performed was ... <br>

grompp -f md_pull.mdp -c npt.gro -p topol.top -n index.ndx -t npt.trr -o pull.tpr&nbsp;

<br>

which produced the error below ... <br>

<br>

-------------------------------------------------------<br>

Program grompp, VERSION 4.5.3<br>

Source code file: readir.c, line: 1371<br>

<br>

Fatal error:<br>

Invalid atom number 101717 in indexfile<br>

-------------------------------------------------------<br>

What is it I'm doing wrong?! :-S I'm not even really sure where the error lies with this one? Is it a step I've performed earlier that's incorrect?&nbsp; Can I just remove this atom from the index file and hope for the best?

<br>

<br>

Thanks loads<br>

Natalie<br>

<br>

<br>

mdp file I used is below ... <br>

</div>

<div><br>

title&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Umbrella pulling simulation <br>

define&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DPOSRES_B<br>

; Run parameters<br>

integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>

dt&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.001<br>

tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>

nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 10 ns <br>

nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>

; Output parameters<br>

nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; every 100 ps<br>

nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50000 <br>

nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<br>

nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; every 10 ps<br>

nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<br>

; Bond parameters<br>

constraint_algorithm &nbsp;&nbsp;&nbsp; = lincs<br>

constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds<br>

continuation&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; continuing from NPT <br>

; Single-range cutoff scheme<br>

nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5<br>

ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid <br>

rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4<br>

rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4<br>

rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4<br>

; PME electrostatics parameters<br>

coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<br>

fourierspacing&nbsp; = 0.12<br>

fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>

fourier_ny &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>

fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>

pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>

ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-5<br>

optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>

; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>

Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Nose-Hoover<br>

nsttcouple&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -1<br>

tc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein Non-Protein <br>

tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1 0.1<br>

ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 310 310<br>

; Pressure coupling is on<br>

Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Parrinello-Rahman <br>

pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<br>

tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.5e-5<br>

ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>

; Generate velocities is off<br>

gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = no <br>

gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 310<br>

gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>

; Periodic boundary conditions are on in all directions<br>

pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>

; Long-range dispersion correction<br>

DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp; = EnerPres<br>

; Pull code<br>

pull&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = umbrella<br>

pull_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp; = distance&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; can't get PMF with direction<br>

pull_dim&nbsp;&nbsp;&nbsp; = N N Y<br>

pull_start&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes <br>

pull_ngroups&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>

pull_group0&nbsp;&nbsp;&nbsp; = C-Terminal <br>

pull_group1&nbsp;&nbsp;&nbsp; = N-Terminal<br>

pull_init1&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>

pull_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.005<br>

pull_k1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1500&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; kJ mol^-1 nm^-2<br>

pull_nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; every 2 ps<br>

pull_nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; every 2 ps </div>

</div>

</body>

</html>