<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><font class="Apple-style-span" face="courier, monaco, monospace, sans-serif" size="4">Dear Gromacs Users,</font><div style="font-family: arial; font-size: 10pt; "><br></div><div><font class="Apple-style-span" face="courier, monaco, monospace, sans-serif" size="4">Can we perform gromacs analysis on any two molecules like peptide+ peptide or DNA+ RNA? and w<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; line-height: 16px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; ">hat might be the setup and process if we wanted to sim a peptide + a peptide with a small molecule causing a PTM event. If we can do so then do we have any options&nbsp;</span><span class="Apple-style-span" style="line-height: 16px; ">to select two peptides with one or more having PTM via&nbsp;small molecule. What might be the sequence of events in
 this use case.</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="courier, monaco, monospace, sans-serif" size="4"><span class="Apple-style-span" style="line-height: 16px; ">Any suggestion??</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="courier, monaco, monospace, sans-serif" size="4"><span class="Apple-style-span" style="line-height: 16px; "><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="courier, monaco, monospace, sans-serif" size="4"><span class="Apple-style-span" style="line-height: 16px; ">Thanks,</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="courier, monaco, monospace, sans-serif" size="4"><span class="Apple-style-span" style="line-height: 16px; ">SWati</span></font></div></td></tr></table><br>