
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7655.7">

<TITLE>mpi run in Gromacs 4.5.3</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/plain format -->


<P><FONT SIZE=2>Hi,<BR>

I have been trying to run Gromacs 4.5.3 parallel simulations using openmpi 1.4.2. From my understanding, mdrun_mpi is not used in this version of Gromacs. Our system administrator told me that all mpi related options have been turned on while installing Gromacs. With either commands:<BR>

mdrun -np X -deffnm topol -N X (run in an 8-cpu node)<BR>

or<BR>

mpirun -np X mdrun -deffnm topol -N X (submitted in a number of nodes depending on availability)<BR>

I get X identical simulations instead of a parallel run. If X=4, I get 4 identical simulations (the same simulation ran 4 times) instead of 1 parallel simulation in 4 processors. The performance difference between a single-processor run and the X=4 run are also similar (no marked difference in the time it takes to finish the simulation).<BR>

Has anyone encountered this problem?<BR>

I could provide more details if needed<BR>

Thanks,<BR>

JT </FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>