<br /><br /><span>On 12/13/10, <b class="name">Stephane Abel </b> &lt;Stephane.Abel@cea.fr&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:4D05FD98.2040100@cea.fr" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Hi all,<br /><br /><br />I would like to use g_sas to compute and give surface area changes of each residu of a peptide (25 AA long) and *not* the average per residu given by the argument -or) along the simulation time. If yes how ?  Of course, i think, i can use an index file, but for 25 AA, it will take a long time.....</div></blockquote><br />Somehow you want to generate the matrix of SAS with time in one dimension and residue on the other. I forget if there's an elegant g_sas way to do this, but at worst you can trjconv separate frames, use g_sas -or, and concatenate the results into the matrix.<br /><br />Then IIRC tools like gnuplot will let you write a plot expression that instructs it to plot the result of subtract corresponding elements of different columns in the data set against some other value...<br /><br />Mark