Dear Gromacs User<div>My pdb is homodimer with  Arg as c-terminal residue. With this pdb I am etting following error in pdb2gmx command</div><div><div>Program pdb2gmx, VERSION 4.0.7</div><div>Source code file: pdb2gmx.c, line: 429</div>
<div><br></div><div>Fatal error:</div><div>Atom OXT in residue ARG 107 not found in rtp entry with 17 atoms</div><div>             while sorting atoms</div></div><div> </div><div>The command executed is as follows</div><div>
 pdb2gmx   -f    .pdb   -o    .gro   -p  .top </div><div> </div><div>I tried to change the OXT atom name in pdb file to O2, then also I am getting the same error.</div><div>In .rtp entry there is ARG residue as N-ter  but for C-ter ARG there is no residue.</div>
<div>Please suggest.</div><div>Waiting for  helps from gromacs users.</div><div>Shahid Nayem</div>