<br><br>Dear All<br><br>I can&#39;t understand correctly what we do when we are using umberella sampling for obtaining PMF.<br>I explain that ,please modify or complete it.<br><br><br>(I think we define some sampling windows,each related to an reference distance.<br>
for each distance ,relative to it&#39;s distance,we define a spring constant.<br>our spring is at rest in the center of windows,<br>then we do a short simulation within each windows such that our molecule is connected to the spring and it&#39;s potential energy is depending to it&#39;s displacement from the center of windows.<br>
Then we have potential energy of two molecules in any distance from each other.<br>Having potential energy along the reaction path or here falong the degree of freedom(distance between two molecules) is PMF oof interest and <br>
the difference between limits of PMF plot is delta-free energy of interest)<br><br>what do you think ?do you agree with me?<br>Thanks in advance for your atteintion.<br>Mohsen<br>