Dear gromacs users,<br><br>I want to calculate NH vector for my ligand simulations using g_rotacf. I want to ask if I first need to remove rotation and translation degrees of freedom from the trajectory using the command:<br>
trjconv -f traj.xtc -s 10nsProd_MD.tpr -fit rot+trans -o no_rot_trans.xtc<br><br>Also, when I am using this command which group I should select for least square fit (ligand or the whole system) and a group for output.<br>
<br>The rotation correlation functions  (g_rotacf) output depends on trajectory type which I have. So C(t) graphics are different if I remove rotation and translation degrees of freedom.<br><br>Please can you advice me on this?<br>
<br><br><br><br>Yours sincerely,<br>Olga<br><br>