<P>Hi,</P>
<P>I&nbsp;want to simulate 3x3x0.8 water film (bulk water) first creat the water,</P>
<P>genbox -cs -o film.gro -box 3 3 0.8</P>
<P>then, i EM the bulk water;</P>
<P>Using steep, but </P>
<P>t = 0.011 ps: Water molecule starting at atom 298 can not be settled.<BR>Check for bad contacts and/or reduce the timestep.<BR>Wrote pdb files with previous and current coordinates<BR></P>
<P>then i run, and i get the result. I use NPT, and T=300K. I run several times, but the final T was still 411K.</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>So what could i do to get EM process successful?</P>
<P>And what is the reason ? why i can not control the T 300K?</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<BR>-------------------------------------------------------------------------------<BR>Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9496.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 136.145&nbsp;&nbsp;&nbsp; 135.455&nbsp; -0.158085&nbsp;&nbsp; -47.4256<BR>Kinetic En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2358.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 73.5876&nbsp;&nbsp;&nbsp; 73.5471 -0.0281891&nbsp;&nbsp; -8.45676<BR>Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -7138.19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 136.284&nbsp;&nbsp;&nbsp; 135.326&nbsp; -0.186274&nbsp;&nbsp; -55.8824<BR>Temperature&nbsp;
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 411.945&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.8548&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.8477 -0.00492426&nbsp;&nbsp; -1.47728<BR>Pressure (bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.66406&nbsp;&nbsp;&nbsp; 704.355&nbsp;&nbsp;&nbsp; 704.355 -0.00424907&nbsp;&nbsp; -1.27473<BR>Box-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.91791&nbsp; 0.0128965&nbsp; 0.0128789 -7.7826e-06 -0.00233479<BR>Box-Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.91791&nbsp; 0.0128965&nbsp; 0.0128789 -7.7826e-06 -0.00233479<BR>Box-Z&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.778108 0.00343907 0.00343437 -2.07536e-06 -0.000622609<BR>Density (SI)&nbs
 p;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1038.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.6165&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.5998 0.00778513&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.33555<BR>Heat Capacity Cv:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.49 J/mol K (factor = 0.000973754)<BR></P>
<P>&nbsp;</P><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>