<br /><br /><span>On 12/16/10, <b class="name">Javier Cerezo </b> &lt;jcb1@um.es&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:4D09E724.8010201@um.es" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Could you please attach your minimization parameters (mdp file) and grompp/mdrun commands?<br /><br />Your simulation box seems a bit strange for me. If you're using periodic boundary conditions you have not a thin film, but an infinite bulk water (remember pbc replicate the box in all directions). With such a small Z axis you might have probles with the cut-off radius being longer than a particle image.</div></blockquote><br />GROMACS enforces the minimum-image convention, so we can deduce that that rcoulomb was unreasonably short.<br /><br /><blockquote cite="mid:4D09E724.8010201@um.es" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">El 16/12/10 10:38, gromacs escribió:<br />&gt;<br />&gt;Hi,<br />&gt;<br />&gt;I want to simulate 3x3x0.8 water film (bulk water) first creat the water,<br />&gt;<br />&gt;genbox -cs -o film.gro -box 3 3 0.8<br />&gt;<br />&gt;then, i EM the bulk water;<br />&gt;<br />&gt;Using steep, but<br />&gt;<br />&gt;t = 0.011 ps: Water molecule starting at atom 298 can not be settled.<br />&gt;Check for bad contacts and/or reduce the timestep.<br />&gt;Wrote pdb files with previous and current coordinates</div></blockquote>Here's the first hint something is wrong. Don't ignore it and plow on!<br /><blockquote cite="mid:4D09E724.8010201@um.es" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br />&gt;<br />&gt;then i run, and i get the result. I use NPT, and T=300K. I run several times, but the final T was still 411K.<br />&gt;<br />&gt;So what could i do to get EM process successful?<br />&gt;<br />&gt;And what is the reason ? why i can not control the T 300K?</div></blockquote><br />Over what timescale did you equilibrate? Over what *separate* timescale did you observe?<br /><br />Mark<br /><blockquote cite="mid:4D09E724.8010201@um.es" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br />&gt;<br />&gt;Energy Average RMSD Fluct. Drift Tot-Drift<br />&gt;-------------------------------------------------------------------------------<br />&gt;Potential -9496.38 136.145 135.455 -0.158085 -47.4256<br />&gt;Kinetic En. 2358.2 73.5876 73.5471 -0.0281891 -8.45676<br />&gt;Total Energy -7138.19 136.284 135.326 -0.186274 -55.8824<br />&gt;Temperature 411.945 12.8548 12.8477 -0.00492426 -1.47728<br />&gt;Pressure (bar) -1.66406 704.355 704.355 -0.00424907 -1.27473<br />&gt;Box-X 2.91791 0.0128965 0.0128789 -7.7826e-06 -0.00233479<br />&gt;Box-Y 2.91791 0.0128965 0.0128789 -7.7826e-06 -0.00233479<br />&gt;Box-Z 0.778108 0.00343907 0.00343437 -2.07536e-06 -0.000622609<br />&gt;Density (SI)&amp;nbs p; 1038.7 13.6165 13.5998 0.00778513 2.33555<br />&gt;Heat Capacity Cv: 12.49 J/mol K (factor = 0.000973754)<br />&gt;<br />&gt;<br />&gt;<br /><br />-- <br />Javier CEREZO BASTIDA<br />Estudiante de Doctorado<br />---------------------<br />Dpto. Química-Física<br />Universidad de Murcia<br />30100 MURCIA (España)<br />Tlf.(+34)868887434<br /><br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /></div></blockquote>