<br><div></div><br><pre><br>&gt;Message:&nbsp;3
&gt;Date:&nbsp;Thu,&nbsp;16&nbsp;Dec&nbsp;2010&nbsp;11:50:51&nbsp;-0500
&gt;From:&nbsp;Vitaly&nbsp;Chaban&nbsp;&lt;vvchaban@gmail.com&gt;
&gt;Subject:&nbsp;[gmx-users]&nbsp;Re:&nbsp;water&nbsp;genbox&nbsp;3x3x0.8&nbsp;EM&nbsp;not&nbsp;successful&nbsp;T&nbsp;not
&gt;        high
&gt;To:&nbsp;gmx-users@gromacs.org
&gt;Cc:&nbsp;gromacs&nbsp;&lt;ptf1242@163.com&gt;
&gt;Message-ID:
&gt;        &lt;AANLkTikYKV=-oEV10BxgYs5N_nMqxbonwbHxkybuHJQd@mail.gmail.com&gt;
&gt;Content-Type:&nbsp;text/plain;&nbsp;charset=ISO-8859-1
&gt;
&gt;&gt;&nbsp;From:&nbsp;gromacs&nbsp;&lt;ptf1242@163.com&gt;
&gt;&gt;&nbsp;Subject:&nbsp;[gmx-users]&nbsp;water&nbsp;genbox&nbsp;3x3x0.8&nbsp;EM&nbsp;not&nbsp;successful&nbsp;T&nbsp;not&nbsp;high
&gt;
&gt;&gt;&nbsp;Hi,
&gt;&gt;
&gt;&gt;&nbsp;I&nbsp;want&nbsp;to&nbsp;simulate&nbsp;3x3x0.8&nbsp;water&nbsp;film&nbsp;(bulk&nbsp;water)&nbsp;first&nbsp;creat&nbsp;the&nbsp;water,
&gt;&gt;
&gt;&gt;&nbsp;genbox&nbsp;-cs&nbsp;-o&nbsp;film.gro&nbsp;-box&nbsp;3&nbsp;3&nbsp;0.8
&gt;&gt;
&gt;&gt;&nbsp;then,&nbsp;i&nbsp;EM&nbsp;the&nbsp;bulk&nbsp;water;
&gt;&gt;
&gt;&gt;&nbsp;Using&nbsp;steep,&nbsp;but
&gt;&gt;
&gt;&gt;&nbsp;t&nbsp;=&nbsp;0.011&nbsp;ps:&nbsp;Water&nbsp;molecule&nbsp;starting&nbsp;at&nbsp;atom&nbsp;298&nbsp;can&nbsp;not&nbsp;be&nbsp;settled.
&gt;&gt;&nbsp;Check&nbsp;for&nbsp;bad&nbsp;contacts&nbsp;and/or&nbsp;reduce&nbsp;the&nbsp;timestep.
&gt;&gt;&nbsp;Wrote&nbsp;pdb&nbsp;files&nbsp;with&nbsp;previous&nbsp;and&nbsp;current&nbsp;coordinates
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt;&nbsp;then&nbsp;i&nbsp;run,&nbsp;and&nbsp;i&nbsp;get&nbsp;the&nbsp;result.&nbsp;I&nbsp;use&nbsp;NPT,&nbsp;and&nbsp;T=300K.&nbsp;I&nbsp;run&nbsp;several&nbsp;times,&nbsp;but&nbsp;the&nbsp;final&nbsp;T&nbsp;was&nbsp;still&nbsp;411K.
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt;&nbsp;So&nbsp;what&nbsp;could&nbsp;i&nbsp;do&nbsp;to&nbsp;get&nbsp;EM&nbsp;process&nbsp;successful?
&gt;&gt;
&gt;&gt;&nbsp;And&nbsp;what&nbsp;is&nbsp;the&nbsp;reason&nbsp;?&nbsp;why&nbsp;i&nbsp;can&nbsp;not&nbsp;control&nbsp;the&nbsp;T&nbsp;300K?
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt;&nbsp;Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Drift&nbsp;&nbsp;Tot-Drift
&gt;&gt;&nbsp;-------------------------------------------------------------------------------
&gt;&gt;&nbsp;Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-9496.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;136.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;135.455&nbsp;&nbsp;-0.158085&nbsp;&nbsp;&nbsp;-47.4256
&gt;&gt;&nbsp;Kinetic&nbsp;En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2358.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;73.5876&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;73.5471&nbsp;-0.0281891&nbsp;&nbsp;&nbsp;-8.45676
&gt;&gt;&nbsp;Total&nbsp;Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-7138.19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;136.284&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;135.326&nbsp;&nbsp;-0.186274&nbsp;&nbsp;&nbsp;-55.8824
&gt;&gt;&nbsp;Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;411.945&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;12.8548&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;12.8477&nbsp;-0.00492426&nbsp;&nbsp;&nbsp;-1.47728
&gt;&gt;&nbsp;Pressure&nbsp;(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-1.66406&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;704.355&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;704.355&nbsp;-0.00424907&nbsp;&nbsp;&nbsp;-1.27473
&gt;&gt;&nbsp;Box-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2.91791&nbsp;&nbsp;0.0128965&nbsp;&nbsp;0.0128789&nbsp;-7.7826e-06&nbsp;-0.00233479
&gt;&gt;&nbsp;Box-Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2.91791&nbsp;&nbsp;0.0128965&nbsp;&nbsp;0.0128789&nbsp;-7.7826e-06&nbsp;-0.00233479
&gt;&gt;&nbsp;Box-Z&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.778108&nbsp;0.00343907&nbsp;0.00343437&nbsp;-2.07536e-06&nbsp;-0.000622609
&gt;&gt;&nbsp;Density&nbsp;(SI)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1038.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;13.6165&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;13.5998&nbsp;0.00778513&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2.33555
&gt;&gt;&nbsp;Heat&nbsp;Capacity&nbsp;Cv:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;12.49&nbsp;J/mol&nbsp;K&nbsp;(factor&nbsp;=&nbsp;0.000973754)
&gt;
&gt;
&gt;
&gt;Hey,&nbsp;gromacs&nbsp;-
&gt;
&gt;Nice&nbsp;to&nbsp;hear&nbsp;from&nbsp;you&nbsp;here...&nbsp;It&nbsp;is&nbsp;a&nbsp;bad&nbsp;idea&nbsp;to&nbsp;simulate&nbsp;something
&gt;with&nbsp;any&nbsp;cartesian&nbsp;dimension&nbsp;lower&nbsp;than&nbsp;a&nbsp;couple&nbsp;of&nbsp;nanometers&nbsp;using
&gt;classical&nbsp;FFs.&nbsp;&nbsp;All&nbsp;your&nbsp;problems&nbsp;are&nbsp;generated&nbsp;by&nbsp;0.8&nbsp;nm&nbsp;of&nbsp;the
&gt;z-side.
&gt;
&gt;--
&gt;Dr.&nbsp;Vitaly&nbsp;V.&nbsp;Chaban
&gt;Rochester,&nbsp;U.S.A.
&gt;
&gt;
&gt;------------------------------
&gt;
<br><br>Thanks very much. I use the cutoff=0.38, because the cutoff should be smaller than the half box size. I guess it may be the Z dimension is too small, Plus the PBC. But when i use 1.8x1.8x1.8nm bulk water, all results are OK.<br><br>My teacher wants me to simulate 3x3x0.8, 3x3x0.9 nm water film's rupture. So i have to run bulk 3x3x0.8 water and then add box to 3x3x9 to form interface.<br><br>So if i want to run run bulk 3x3x0.8 water, how could i do? which FF should i use? the high T may be due to EM not success??<br><br><br></pre><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>