Dear All<br>I did the Enzyme/drug tutorial and generated complex.gro and complex.top files as was said.<br>Now I want to measure the distance between center of mass of protein and drug<br>I used g_dist but I could not.<br>

I entered these commands(of course I made an index.ndx and g-dist.tpr):<br><br>I used from an typical .mdp file to generate .tpr file by below command:<br><br>grompp  -c complex.gro     -p   complex.top   -o  g-dist.tpr          -f    g-dist.mdp    -maxwarn 3<br>

then,<br>g_dist     -f    complex.gro    -s   g-dist.tpr    -o  g-dist.xvg <br><br>but the result was an empty g-dist.xvg and:<br><br>Fatal error:<br>Unexpected end of file in file   631LIG  C12     45  -0.475  -0.514  -0.434 at line 2<br>
(Source file ../../../../src/gmxlib/confio.<div id=":1j8">c, line 725)<br>
<br>besides,I want to measure this distance befor erunning and as a vector.<br>below is a part of my complex.gro:<br>  631LIG  F1      42  -0.701  -0.571  -0.151<br>  631LIG  C16     43  -0.534  -0.501  -0.306<br>  631LIG  H16     44  -0.491  -0.434  -0.232<br>
  631LIG  C12     45  -0.475  -0.514  -0.434<br>  631LIG  H12     46  -0.394  -0.446  -0.459<br><br><br>thanks in advances</div>