Dear All<br><br>I am using protein-drug binding.<br>when I am using grompp this error occuring:<br><br>Atomtype CR6 not found<br>and<br>Atomtype CR5 not found.<br>by what can I replace these atom types?<br>this is my drug.itp file:<br>
[ atoms ]<br>;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass<br>     1       CR61     1  LIG     C11     1    0.021  13.0190   <br>     2       CR61     1  LIG     C15     1    0.020  13.0190   <br>     3        CB        1  LIG     C17     1    0.040  12.0110   <br>
     4         O         1  LIG      F1      1   -0.162  18.9984   <br>     5       CR61     1  LIG     C16     1    0.021  13.0190   <br>     6       CR61     1  LIG     C12     1    0.020  13.0190   <br>     7        CB        1  LIG      C6      1    0.040  12.0110   <br>
     8       CH1       1  LIG      C1       2    0.000  12.0110   <br>     9       CH2      1  LIG      C2       2    0.000  14.0270   <br>    10       CH2     1  LIG      C5       3    0.120  14.0270   <br>    11       CH2     1  LIG      C8       3    0.120  14.0270   <br>
    12        NL     1  LIG      N1     3    0.675  14.0067   <br>    13       CH3     1  LIG     C18     3    0.085  15.0350   <br>    14       CH3     1  LIG     C19     4    0.071  15.0350   <br>    15         H     1  LIG     HAA     4    0.052   1.0080   <br>
    16        OS     1  LIG      O1     4   -0.147  15.9994   <br>    17       CR51     1  LIG      C7     4   -0.010  13.0190   <br>    18        CB     1  LIG      C4     4    0.034  12.0110   <br>    19       CR61     1  LIG     C10     5    0.034  13.0190   <br>
    20        CB     1  LIG      C3     5    0.067  12.0110   <br>    21       CR61     1  LIG      C9     5    0.034  13.0190   <br>    22       CR61     1  LIG     C13     5    0.034  13.0190   <br>    23        CB     1  LIG     C14     5    0.067  12.0110   <br>
    24        CB     1  LIG     C20     5    0.307  12.0110   <br>    25         N     1  LIG      N2     5   -0.543  14.0067   <br><br>thanks in advance<br>