Dear All<br>
<br>
I am trying to use g_helixorient to calculate the tilt of a peptide. This one is modeled with MARTINI. <br>
<br>
I am selecting all backbone atoms of the 23-residue peptide as my index group and am using g_helixorient as follows:<br>
<br>
g_helixorient -s peptide.tpr -f peptide.xtc -n peptide.ndx -otilt tilt.xvg<br>
<br>
The output tilt.xvg appears to contain a number for every residue at 
each time step, with a starting and a trailing zero i.e. a 26-column 
(time + 0 + 23 values + 0)  file. Does one need to take an average over 
all residues? How does on interpret the output? <br>
<br>
Merry christmas to all. <br>

<br>

-Maria<br clear="all"><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>Copenhagen<br>
<br clear="all"><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>Copenhagen<br>