Dear All<br>I want to generate .top and .gro files for protein-ligand complex.<br>there are many problems,can every body guide me?<br>Actually it is my M.sc thesis and it has taken much time of me.<br><br>problems:<br>1-after using PRODRG server the vector boxes for  are not the same<br>
2-ligand&#39;s coordinates change very much,then my structure is not the original one that I wanted(I think it is because of box vector)<br>3-there are a few atom types which is not familiar for grompp<br><br>Actually I don&#39;t know what I can do with this condition<br>
If any of you can generate them for me please say me to send complex.pdb file in his/her email.<br>Thanks in advance for your guidance<br><br><br>