hi <br><br>i m doing simulation membrane protein <br>while scaling  down the lipids by a factor of 0.95 then performing EM <br><br>Steepest Descents converged to Fmax &lt; 10 in 18 steps<br>Potential Energy  = -nan<br>Maximum force     =  4.7791553e+02 on atom 5440<br>
Norm of force     =  -nan<br><br><br><br>; minim.mdp - used as input into grompp to generate em.tpr<br>; Parameters describing what to do, when to stop and what to save<br>integrator    = steep        ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)<br>
emtol        = 10.0      ; Stop minimization when the maximum force &lt; 1000.0 kJ/mol/nm<br>emstep          = 0.1          ; Energy step size<br>nsteps        = 25000          ; Maximum number of (minimization) steps to perform<br>
<br>; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions<br>nstlist        = 10        ; Frequency to update the neighbor list and long range forces<br>ns_type        = grid        ; Method to determine neighbor list (simple, grid)<br>
rlist        = 1.2        ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)<br>coulombtype    = Shift        ; Treatment of long range electrostatic interactions<br>rcoulomb    = 1.2        ; Short-range electrostatic cut-off<br>
rvdw        = 1.2        ; Short-range Van der Waals cut-off<br>pbc        = xyz         ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)<br>define = -DSTRONG_POSRES<br><br><br>earlier when i was using <br><br>; minim.mdp - used as input into grompp to generate em.tpr<br>
; Parameters describing what to do, when to stop and what to save<br>integrator    = steep        ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)<br>emtol        = 1000.0      ; Stop minimization when the maximum force &lt; 1000.0 kJ/mol/nm<br>
emstep          = 0.01          ; Energy step size<br>nsteps        = 50000          ; Maximum number of (minimization) steps to perform<br><br>; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions<br>
nstlist        = 1        ; Frequency to update the neighbor list and long range forces<br>ns_type        = grid        ; Method to determine neighbor list (simple, grid)<br>rlist        = 1.2        ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)<br>
coulombtype    = PME        ; Treatment of long range electrostatic interactions<br>rcoulomb    = 1.2        ; Short-range electrostatic cut-off<br>rvdw        = 1.2        ; Short-range Van der Waals cut-off<br>pbc        = xyz         ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)<br>
define = -DFLEXIBLE<br><br><br>then problem was same <br><br><br>help me !<br><br>with regards:<br>shikha <br>