<html><head></head><body><p>Dear Justin</p><p>Thank you for your reply.

this simulation contains a peptide and water in a specified pH. Do you

think this .pdb file is correct.</p><p>Thank you</p><p>Kargar<br />&gt;

<br />&gt; <br />&gt; Faezeh Kargar wrote: <br />&gt;&gt; Dear All <br

/>&gt;&gt; <br />&gt;&gt; I asked this question in Martini's forum, but

tile now no answer, so I <br />&gt;&gt; had to ask it here. excuse me. <br

/>&gt;&gt; I did an atomistic peptide simulation. TheÂ residues and

positions of <br />&gt;&gt; all atoms in this peptide created by my self,

I mean I didn't download <br />&gt;&gt; the pdb file from

&lt;www.pdb.org&gt;. at the end of atomistic simulation I <br />&gt;&gt;

have .pdb and .gro files that show the minimized structure of the <br

/>&gt;&gt; peptide. <br />&gt;&gt; <br />&gt;&gt; Now I have a question:

Can I use the last pdb file for a CG peptide? Can <br />&gt;&gt; I use

atom2cg.awk and seq2itp.pl in this case? <br />&gt;&gt; <br />&gt; <br

/>&gt; You can run those scripts on any syntactically-correct .pdb file.

<br />&gt; <br />&gt; -Justin <br />&gt; <br />&gt;&gt; Thank you <br

/>&gt;&gt; Kargar <br />&gt;&gt; <br />&gt; <br />&gt; -- <br />&gt;

======================================== <br />&gt; <br />&gt; Justin A.

Lemkul <br />&gt; Ph.D. Candidate <br />&gt; ICTAS Doctoral Scholar <br

/>&gt; MILES-IGERT Trainee <br />&gt; Department of Biochemistry <br

/>&gt; Virginia Tech <br />&gt; Blacksburg, VA <br />&gt;

jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080 <br />&gt;

http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin <br />&gt; <br

/>&gt; ======================================== <br />&gt; -- <br />&gt;

gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org <br />&gt;

http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users <br />&gt; Please

search the archive at <br />&gt;

http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting! <br

/>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br

/>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org. <br

/>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists <br

/>&gt; <br />&gt; -- <br />&gt; This message has been scanned for viruses

and <br />&gt; dangerous content by MailScanner, and is <br />&gt;

believed to be clean. <br />&gt; <br />&gt; <br /><br /><br />-- <br

/>83_kargar</p><br />-- 

<br />This message has been scanned for viruses and

<br />dangerous content by

<a href="http://www.mailscanner.info/"><b>MailScanner</b></a>, and is

<br />believed to be clean.

</body></html>