
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

    <title></title>

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    Thank you Chris for your answer:<br>

    <br>

    1) The molecule has no net charge because the virtual site in the

    center of mass is a point charge twice the charge in the O atom.<br>

    2) Until now I've created 5 files but I don't know if I am doing the

    right thing:<br>

    <br>

    <ul>

      <li>&nbsp;forcefield.itp</li>

    </ul>

    #define _FF_OXY<br>

    <br>

    [ defaults ]<br>

    ; nbfunc &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; comb-rule &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gen-pairs &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; fudgeLJ &nbsp; &nbsp;

    fudgeQQ<br>

    1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

    1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>

    <br>

    #include "ffnonbonded.itp"<br>

    #include "ffbonded.itp"<br>

    <br>

    <ul>

      <li>&nbsp; ffbonded.itp<br>

      </li>

    </ul>

    [ bondtypes ]<br>

    ; i&nbsp;&nbsp;&nbsp; j&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; func<br>

    &nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; (I've used function 5 because the forcefield has

    a fixed length, is it right?) ;<br>

    <br>

    <ul>

      <li>&nbsp; ffnonbonded.itp</li>

    </ul>

    [ atomtypes ]<br>

    ; name&nbsp; at.num&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;

    sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; epsilon<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 15.99940&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.123&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;

    3.01300e-01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.0780822e-01<br>

    &nbsp;&nbsp; COM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 0.246&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; V&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;

    0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000000e+00<br>

    <br>

    <ul>

      <li>&nbsp;atomtypes.atp<br>

      </li>

    </ul>

    O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.99940&nbsp; ; Oxygen Atom<br>

    COM&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Virtual site (COM charge)<br>

    <br>

    <ul>

      <li>&nbsp;residues.rtp<br>

      </li>

    </ul>

    ; Oxygen<br>

    [ OXY ]<br>

    &nbsp;[ atoms ]<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; -0.123&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

    &nbsp; &nbsp;&nbsp; COM&nbsp;&nbsp; COM&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.246&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

    &nbsp;[ bonds ]<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>

    <br>

    3) Is it necessary more or less files? And in which file do I

    specificate de virtual site?<br>

    4) The virtual site in the COM is [ virtual_sites2 ] with a = 0.5 or

    [ virtual_sitesn ]?<br>

    <br>

    Thank you again for your time.<br>

  </body>

</html>