<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    On 31/12/2010 5:03 AM, Marcelo Silva wrote:

    <blockquote cite="mid:BLU0-SMTP1285D42C218CA05C90E1A61D4030@phx.gbl"

      type="cite">

      <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

        http-equiv="Content-Type">

      <title></title>

      Thank you Chris for your answer:<br>

      <br>

      1) The molecule has no net charge because the virtual site in the

      center of mass is a point charge twice the charge in the O atom.<br>

      2) Until now I've created 5 files but I don't know if I am doing

      the right thing:<br>

      <br>

      <ul>

        <li>&nbsp;forcefield.itp</li>

      </ul>

      #define _FF_OXY<br>

      <br>

      [ defaults ]<br>

      ; nbfunc &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; comb-rule &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gen-pairs &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; fudgeLJ &nbsp; &nbsp;

      fudgeQQ<br>

      1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;

      no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>

      <br>

      #include "ffnonbonded.itp"<br>

      #include "ffbonded.itp"<br>

      <br>

      <ul>

        <li>&nbsp; ffbonded.itp<br>

        </li>

      </ul>

      [ bondtypes ]<br>

      ; i&nbsp;&nbsp;&nbsp; j&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; func<br>

      &nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; (I've used function 5 because the forcefield

      has a fixed length, is it right?) ;<br>

    </blockquote>

    <br>

    If the bond length is to be fixed, then you want constraint type 1.

    Bond type 5 has a different application.<br>

    <br>

    <blockquote cite="mid:BLU0-SMTP1285D42C218CA05C90E1A61D4030@phx.gbl"

      type="cite"> <br>

      <ul>

        <li>&nbsp; ffnonbonded.itp</li>

      </ul>

      [ atomtypes ]<br>

      ; name&nbsp; at.num&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;

      &nbsp; sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; epsilon<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 15.99940&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.123&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;

      &nbsp; 3.01300e-01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.0780822e-01<br>

      &nbsp;&nbsp; COM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 0.246&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; V&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;

      0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000000e+00<br>

      <br>

      <ul>

        <li>&nbsp;atomtypes.atp<br>

        </li>

      </ul>

      O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.99940&nbsp; ; Oxygen Atom<br>

      COM&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Virtual site (COM charge)<br>

      <br>

      <ul>

        <li>&nbsp;residues.rtp<br>

        </li>

      </ul>

      ; Oxygen<br>

      [ OXY ]<br>

      &nbsp;[ atoms ]<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; -0.123&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

      &nbsp; &nbsp;&nbsp; COM&nbsp;&nbsp; COM&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.246&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

      &nbsp;[ bonds ]<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>

      <br>

      3) Is it necessary more or less files? And in which file do I

      specificate de virtual site?<br>

    </blockquote>

    <br>

    Virtual site directives are listed in Table 5.6, so they need to end

    up in the [moleculetype], which means they need to be in the .rtp

    entry. Some of the forcefield files probably have examples of this.<br>

    <br>

    <blockquote cite="mid:BLU0-SMTP1285D42C218CA05C90E1A61D4030@phx.gbl"

      type="cite"> 4) The virtual site in the COM is [ virtual_sites2 ]

      with a = 0.5 or [ virtual_sitesn ]?<br>

    </blockquote>

    <br>

    I guess either would work, but the former is simpler.<br>

    <br>

    Mark<br>

  </body>

</html>