<p>Hi Navjeet,</p>
<p>The box is defined as a triangular matrix, so the volume equals the product of the diagonal elements.</p>
<p>Hope it helps,</p>
<p>Tsjerk</p>
<p><blockquote type="cite">On Jan 3, 2011 5:57 PM, &quot;Navjeet Ahalawat&quot; &lt;<a href="mailto:navjeet0211@gmail.com">navjeet0211@gmail.com</a>&gt; wrote:<br><br>Hi all<br>
<br>
I did NPT simulation for 30 ns using triclinic box (-angles 88.30,<br>
107.40, 112.20) and Isotropic pressure coupling. Now i want to use<br>
average box size for production run (NVT). But I am confused because i<br>
am not able to get the meaning of the output values of the log file.<br>
<br>
<br>
Log file output.....<br>
<br>
        &lt;======  ###############  ==&gt;<br>
        &lt;====  A V E R A G E S  ====&gt;<br>
        &lt;==  ###############  ======&gt;<br>
<br>
   Energies (kJ/mol)<br>
           Bond          Angle    Proper Dih. Ryckaert-Bell.          LJ-14<br>
    9.31715e+02    2.35558e+03    1.63083e+02    5.15266e+03    1.79003e+03<br>
     Coulomb-14        LJ (SR)   Coulomb (SR)   Coul. recip.      Potential<br>
    1.63211e+04    2.86765e+04   -1.72320e+05   -4.98704e+04   -1.66800e+05<br>
    Kinetic En.   Total Energy    Temperature Pressure (bar)  Cons. rmsd ()<br>
    1.27874e+04   -1.54012e+05    1.49958e+02    1.07033e+00    0.00000e+00<br>
<br>
          Box-X          Box-Y          Box-Z         Volume   Density (SI)<br>
    4.44479e+00    4.49781e+00    4.88259e+00    9.76118e+01    1.04364e+03<br>
<br>
If Box-X Box-Y Box-Z represent average value of  a b c then volume<br>
does not correspond to my triclinic box because its just<br>
multiplication of Box-X Box-Y Box-Z. So Please can anybody help me<br>
which volume should I consider for next NVT production run.<br>
<br>
Any help in this regard would be highly appreciated.<br>
<br>
<br>
Thanks &amp; Regards,<br>
Navjeet Ahalawat<br>
<font color="#888888">--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></p>