<div>Dear Sir,</div>
<div>              I am using Gromacs 3.3.2 version for molecular dynamics simulation of my protein-ligand complex. I want to calculate the free energy of binding through LIE method. While extracting the LJ and coulombic energy values using g_energy command,there are many options like LJ-14, LJ-SR, LJ-LR, Coul-14, Coul-SR, Coul-recip etc. I am unable to decide which values should I use for free energy calculation .Which of the following options should I consider.</div>

<div>1. Should I use only LJ-SR and coul-SR?</div>
<div>2. Should I use the total energy values i.e LJ-SR+LJ-LR?</div>
<div> </div>
<div>Your&#39;s sincerely</div>
<div>Devawati Dutta</div>
<div><br clear="all"><br> </div>