<br /><br /><span>On 01/06/11, <b class="name">Navjeet Ahalawat </b> &lt;navjeet0211@gmail.com&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:AANLkTik5CX8MQE5kcDBHBA0cbvF91G8ai-01-Mh=DhMm@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Hi Tsjerk,<br /><br />Thanks for your more clarification, but when I am running the command<br />editconf -f pr.gro -o new_box.gro -density 1.04364e+03 (where pr.gro<br />is end.gro) the results I am getting are...</div></blockquote><br /><br />Please double check the contents of pr.gro are what you think they are. The simplest explanation is a file mismatch...<br /><br /><blockquote cite="mid:AANLkTik5CX8MQE5kcDBHBA0cbvF91G8ai-01-Mh=DhMm@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br />Read 12348 atoms</div></blockquote><br />Does that make sense?<br /><br /><blockquote cite="mid:AANLkTik5CX8MQE5kcDBHBA0cbvF91G8ai-01-Mh=DhMm@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br />Volume: 97.5411 nm^3, corresponds to roughly 43800 electrons<br />Velocities found<br />    system size :  7.244  4.992  5.194 (nm)<br />    center      :  0.534  2.027  2.438 (nm)<br />    box vectors :  4.444  4.857  5.138 (nm)<br />    box angles  :  88.30 107.40 112.20 (degrees)<br />    box volume  :  97.54               (nm^3)<br />Volume  of input 97.5411 (nm^3)<br />Mass    of input 95417.2 (a.m.u.)<br />Density of input 1624.38 (g/l)<br />Scaling all box vectors by 1.1589<br />new system size :  8.395  5.785  6.019<br />new center      :  0.618  2.349  2.825 (nm)<br />new box vectors :  5.150  5.628  5.955 (nm)<br />new box angles  :  88.30 107.40 112.20 (degrees)<br />new box volume  : 151.82               (nm^3)<br /><br />This new box volume is not matching with my average box volume<br />(97.6118). I think problem is with mass because my system (box)<br />contains 1 protein, 2595 water molecules(Tip4p-EW),and 8 CL ions. So</div></blockquote><br />I wondered if editconf was assigning mass to TIP4P vacant sites, but they'd have to have mass 13.1 per solvent molecule to make that work...<br /><br />Mark<br /><br /><blockquote cite="mid:AANLkTik5CX8MQE5kcDBHBA0cbvF91G8ai-01-Mh=DhMm@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br />the total mass should be 61307.332 a.m.u. (14313.332+18*2595+8*35.50)<br />and when I am calculating the density using this mass and average<br />volume (97.6118), its coming 1042.94 g/l which is approximately same<br />to average density (1.04364e+03).<br /><br />I would greatly appreciate if you could please let me know why<br />editconf is giving mass different from actual mass (my calculated<br />mass).<br /><br />Thanks &amp; Regards,<br />Navjeet Ahalawat<br /><br /><br /><br />&gt;Navjeet,<br /><br />&gt;The average lengths you already mentioned in your first mail:<br /><br />&gt;&gt;&gt;         Box-X          Box-Y          Box-Z         Volume   Density (SI)<br />&gt;&gt;&gt;   4.44479e+00    4.49781e+00    4.88259e+00    9.76118e+01    1.04364e+03<br /><br />&gt;You also mentioned you used isotropic PC:<br /><br />&gt;&gt;&gt; I did NPT simulation for 30 ns using triclinic box (-angles 88.30,<br />&gt;&gt;&gt; 107.40, 112.20) and Isotropic pressure coupling.<br /><br />Then the box only gets scaled during the simulation, with no changes<br />of one vector relative to the other. Then to set the box of your end<br />structure to match the average volume also means scaling. That means<br />taking the ratio of the average X-length and the actual X-length, and<br />feed that as a scaling factor...<br />Then again, you don't actually need to calculate anything, just think<br />a little bit harder. You're average box comes with an average density.<br />editconf has an option to scale the box to get a specific density, so<br />you can fetch the average density, given above and do:<br /><br />editconf -f end.gro -o average.gro -density 1.04364e+03<br /><br />Then go on with your NVT run using average.gro as input (don't forget<br />the energy minimization!).<br /><br />Hope it helps,<br /><br />Tsjerk<br /><br />On Tue, Jan 4, 2011 at 3:03 PM, Navjeet Ahalawat &lt;navjeet0211@gmail.com&gt; wrote:<br />&gt; Hi Tsjerk,<br />&gt;<br />&gt; Thanks for your clarifications. I still couldn't follow how I can calculate<br />&gt; the scaling factor. As I wrote earlier, I ran NPT simulation for equilibration.<br />&gt;<br />&gt; Now to start the NVT production run, I need to know the AVERAGE LENGTHS<br />&gt; (a, b, c) of the triclinic box vectors so that I can generate the<br />&gt; triclinic box with the<br />&gt; help of the corresponding angles (88.30, 107.40, 112.20) using the<br />&gt; command &quot;editconf&quot;.<br />&gt;<br />&gt; Now I understand that the box-x, box-y, and box-z represents the diagonal<br />&gt; elements of triangular matrix and the average volume of my triclinic box<br />&gt; is the product of these diagonal elements. However, as I understand the<br />&gt; command &quot;editconf&quot; requires the length of the box vectors and the three angles<br />&gt; to create a triclinic box.<br />&gt;<br />&gt; I would greatly appreciate if you could please let me know the command(s) that<br />&gt; I would require to use to achieve my goal.<br />&gt;<br />&gt;<br />&gt;<br />&gt;<br />&gt; Message: 4<br />&gt; Date: Tue, 4 Jan 2011 12:35:36 +0100<br />&gt; From: Tsjerk Wassenaar &lt;tsjerkw@gmail.com&gt;<br />&gt; Subject: Re: [gmx-users] Re: Average box size<br />&gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br />&gt; Message-ID:<br />&gt;        &lt;AANLkTimMYai39NMj6sv008zUuVpT_UHZAvHm=tAH34yK@mail.gmail.com&gt;<br />&gt; Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br />&gt;<br />&gt; Hi Navjeet,<br />&gt;<br />&gt; These you had in the log file as you showed in your mail. Note that<br />&gt; you use isotropic pressure coupling, so you just need to calculate a<br />&gt; scaling factor, which you can give to editconf to change your system<br />&gt; to match the average box size.<br />&gt;<br />&gt;  Cheers,<br />&gt;<br />&gt; Tsjerk<br />&gt;<br />&gt; On Tue, Jan 4, 2011 at 12:03 PM, Navjeet Ahalawat &lt;navjeet0211@gmail.com&gt; wrote:<br />&gt;&gt; Hi Tsjerk,<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; Thanks for reply, Please can you tell me how can I get the average box<br />&gt;&gt; length (a b c) of my triclinic box for my next step.<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt; Message: 2<br />&gt;&gt;&gt; Date: Mon, 3 Jan 2011 18:17:15 +0100<br />&gt;&gt;&gt; From: Tsjerk Wassenaar &lt;tsjerkw@gmail.com&gt;<br />&gt;&gt;&gt; Subject: Re: [gmx-users] Average box size<br />&gt;&gt;&gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br />&gt;&gt;&gt; Message-ID:<br />&gt;&gt;&gt;        &lt;AANLkTik2TYHLJVmVFC12260RqkdZnUGe-3kOKigFbM3h@mail.gmail.com&gt;<br />&gt;&gt;&gt; Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt; Hi Navjeet,<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt; The box is defined as a triangular matrix, so the volume equals the product<br />&gt;&gt;&gt; of the diagonal elements.<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt; Hope it helps,<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt; Tsjerk<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt; On Jan 3, 2011 5:57 PM, &quot;Navjeet Ahalawat&quot; &lt;navjeet0211@gmail.com&gt; wrote:<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt; Hi all<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt; I did NPT simulation for 30 ns using triclinic box (-angles 88.30,<br />&gt;&gt;&gt; 107.40, 112.20) and Isotropic pressure coupling. Now i want to use<br />&gt;&gt;&gt; average box size for production run (NVT). But I am confused because i<br />&gt;&gt;&gt; am not able to get the meaning of the output values of the log file.<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt; Log file output.....<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;       &lt;======  ###############  ==&gt;<br />&gt;&gt;&gt;       &lt;====  A V E R A G E S  ====&gt;<br />&gt;&gt;&gt;       &lt;==  ###############  ======&gt;<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;  Energies (kJ/mol)<br />&gt;&gt;&gt;          Bond          Angle    Proper Dih. Ryckaert-Bell.          LJ-14<br />&gt;&gt;&gt;   9.31715e+02    2.35558e+03    1.63083e+02    5.15266e+03    1.79003e+03<br />&gt;&gt;&gt;    Coulomb-14        LJ (SR)   Coulomb (SR)   Coul. recip.      Potential<br />&gt;&gt;&gt;   1.63211e+04    2.86765e+04   -1.72320e+05   -4.98704e+04   -1.66800e+05<br />&gt;&gt;&gt;   Kinetic En.   Total Energy    Temperature Pressure (bar)  Cons. rmsd ()<br />&gt;&gt;&gt;   1.27874e+04   -1.54012e+05    1.49958e+02    1.07033e+00    0.00000e+00<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;         Box-X          Box-Y          Box-Z         Volume   Density (SI)<br />&gt;&gt;&gt;   4.44479e+00    4.49781e+00    4.88259e+00    9.76118e+01    1.04364e+03<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt; If Box-X Box-Y Box-Z represent average value of  a b c then volume<br />&gt;&gt;&gt; does not correspond to my triclinic box because its just<br />&gt;&gt;&gt; multiplication of Box-X Box-Y Box-Z. So Please can anybody help me<br />&gt;&gt;&gt; which volume should I consider for next NVT production run.<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt; Any help in this regard would be highly appreciated.<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt; Thanks &amp; Regards,<br />&gt;&gt;&gt; Navjeet Ahalawat<br />&gt;&gt; --<br />&gt;&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br />&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />&gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />&gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br />&gt;&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />&gt;&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br />&gt;&gt;<br />&gt;<br />&gt; --<br />&gt; Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br />&gt;<br />&gt; post-doctoral researcher<br />&gt; Molecular Dynamics Group<br />&gt; * Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br />&gt; * Zernike Institute for Advanced Materials<br />&gt; University of Groningen<br />&gt; The Netherlands<br />&gt;<br />&gt;<br />&gt; ------------------------------<br />&gt; --<br />&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br />&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br />&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br />www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /></div></blockquote>